清华海峡研究院2014年11月20日成立于厦门，是继深圳、北京、河北、浙江之后，由北京清华大学与地方共建的第五个地方研究院。

清华海峡研究院是继深圳、北京、河北、浙江之后，由北京清华大学与地方共建的第五个地方研究院，将充分发挥、利用两岸清华和厦门三方的人才、技术优势，连接和整合海峡两岸产业、金融、科技、教育、文化资源，在信息技术、新能源与新材料、生物医药、生态环境、金融等若干学科领域设立重点实验室，联合研究中心、虚拟研究中心、博士后流动站、技术转移中心、创新创业孵化基地等。

2014年11月20日，厦门市、北京清华大学、台湾清华大学校友会三方在北京签订筹建协议，共同组建清华海峡研究院，意味着这一产学研综合创新平台正式落地厦门。

2023年9月13日，由银河脑医疗与清华海峡研究院共同建设的“清华海峡研究院脑疾病研究中心示范基地”正式挂牌。

周远翔：副院长

2023年2月，清华海峡研究院（厦门）获2021年度福建省科学技术奖科学技术进步奖一等奖。