清华大学环境科学与工程系成立于1977年，
清华大学在我国首批设立了
环境工程专业，1988年被评为我国环境工程唯一的重点学科，2001年和2006年蝉联重点学科。
现有教授30名，2名
中国工程院院士作为学术带头人，4名国家杰出青年基金获得者，1名教育部高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划获得者，7名教育部跨（新）世纪优秀人才计划获得者，4名全国百篇优秀博士论文获得者。14人荣获“国家有突出贡献人员”称号。
环境工程专业教学团队入选2008年度“国家级教学团队”。
环境系目前的研究涵-盖着环境工程、环境科学与环境管理的各个方向。包括环境工程，
水污染控制、大气、环境科学、环境管理等众多研究方向。
环境系自成立以来，一直为国家的环境保护发挥着重要的作用，从“七五”、“八五”、“九五”到“十五”都是国家环境保护科技攻关的主力军，研究成果已经-获得了13项国家级的奖励。同时环境系还为国家政策的制定发挥了重要作用，如完成了我国关于酸雨和
二氧化硫“两控区”的国家控制方案；负责在江苏建立了我国第一个省级的环境信息管理系统；设计建造了我国第一个
危险废物处置的填埋场——深圳红梅填埋场；在近期发生的松花江-污染事件和
圆明园环评事件中也发挥了重要的作用。
截至目前，环境系本科毕业生绝大部分通过免试推荐或考研继续攻读硕士、博士学位；参加就业的同学可到中央和地方的环境保护与市政建设部门、工业企业和科研单位从事环境污染控制和给水排水的规划、设计、科研、教学和技术开发、管理等工作。以2007年本科毕业生为例，58%的学生在本校或外校继续攻读研究生；28%的学生到国外继续深造；14%的学生参加工作。
环境系在教学中要求学生除学习数学、物理、无机化学、有机化学、物理化学、分析化学、外语、计算机、工程制图、测量等必要的基础课程外，还要学习环境工程监测、水处理微生物学、流体力学、工程力学、土木工程概论、工程结构、环境工程原理、
水处理工程、给水排水管道工程、大气污染控制工程、
固体废物处理处置、环境管理、环境建模理论等专业基础和专业课程。
环境系本科教学设“环境工程”和“
给水排水工程”（
给排水科学与工程）两个专业。为适应社会多元需求，拓宽学生就业渠道，招生时按系招生（“环境工程”专业），学生入学后执行
学分制培养计划，并在高年级设置
环境工程专业和给水排水工程（给排水科学与工程）专业的分组选修课，由学生自行选择本科专业。
主要任务是培养从事城市、区域及流域和工业企业的水、气、固体废物和其它污染的控制与治理的高级工程技术与管理人才。对学生的基本要求是：具有本专业领域内坚实的基础理论，较广泛的环境科学知识和较强的实验技能；具有对水污染防治、大气污染防治和
固体废物处理处置等工程设计的基本能力和初步的科学研究及
计算机应用能力；掌握
环境质量评价和
环境规划与管理的基本知识和方法。
主要任务是培养从事城市和工业企业的给水与排水工程的规划、设计及管理的高级工程技术与管理人才。对学生的基本要求是：具有本专业所需要的坚实基础理论，较广泛的市政工程、环境工程的知识和较强的实验技术技能，具有从事给水与排水工程的规划和工艺设计的基本能力以及初步的科学研究及计算机应用能力；掌握水源保护和水资源综合利用的基本知识和方法。