《清华大学学报（自然科学版）》是由中华人民共和国教育部主管、清华大学主办的学术期刊，由清华大学出版社出版。

1915年，《清华大学学报（自然科学版）》创刊，原名《清华月刊》。

1915年12月，更名为《清华学报》。

1955年，更名为《清华大学学报》。

1974年10月，与《北京大学学报》合刊为《清华北大理工学报》。

1986年，《清华大学学报》理工类学报相应更名为《清华大学学报（自然科学版）》。

2014年11月，《清华大学学报 （自然科学版）》入选原中国国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

清华大学学报编辑部自主开发并不断完善编辑部现代化管理系统；在期刊界首次将自己的全部过刊数字化；利用群发电子邮件方式，向定向的读者及时提供当期的学报论文目录。

截至2015年12月底，清华大学正在运行的科研机构共317个，其中：国家实验室（筹）1个，重大科技基础设施1个，国家大型科学仪器中心2个，国家重点实验室13个，国家工程实验室7个，国家工程研究中心4个，国家工程技术研究中心3个，教育部重点实验室17个，北京市重点实验室17个。

截止到2015年底，清华大学图书馆（含专业图书馆及院系资料室）的实体馆藏总量约491.2万册（件），形成了以自然科学和工程技术科学文献为主体，兼有人文、社会科学及管理科学文献等多种类型、多种载体的综合性馆藏体系。除中外文印刷型图书外，读者可使用的文献资源还包括：古籍线装书22万多册；期刊合订本约57.4万册；校馆统筹年订购印刷型中外文报刊2394种；本校博、硕士论文14.3万余篇；缩微资料2.8万种；各类数据库551个；全文电子期刊69737种；电子图书840.3万册，电子版学位论文353.3万篇。

《清华大学学报（自然科学版）》开设研究动态、信息科学、机械工程、精密仪器与机械学、工程力学、汽车工程、水利与水电工程、核能技术等栏目。

据2018年7月《清华大学学报（自然科学版）》编辑部官网显示，《清华大学学报（自然科学版）》执行委员会有委员16人；特约编委4人。

特约编委：刘知远（清华大学计算机科学与技术系） 、李升波（清华大学汽车工程系）、姚铮（清华大学电子工程系）、郭庆来（清华大学电机工程与应用电子技术系）

编辑：李丽、汤梅、金延秋

《清华大学学报（自然科学版）》被CA美国化学文摘（2014）、CSCD中国科学引文数据库来源期刊（含扩展版）（2015-2016年度）、EI美国工程索引（2014）、JST日本科学技术振兴机构数据库（2013）、Pж（AJ）俄罗斯文摘杂志、SA英国科学文摘（2011）、万方、上海图书馆馆藏、剑桥科学文摘、北大核心期刊、国家图书馆馆藏、文摘与引文数据库、知网、统计源核心期刊、维普等中国国内外文献检索机构收录。

据2018年9月23日中国知网显示，《清华大学学报（自然科学版）》出版文献量11176篇。

据2018年9月23日万方数据知识服务平台显示，《清华大学学报（自然科学版）》载文量为4569篇。

据2018年9月23日中国知网显示，《清华大学学报（自然科学版）》总下载量2786829次，总被引量144138次，2017版复合影响因子0.833、综合影响因子0.541。

据2018年9月23日万方数据知识服务平台显示，《清华大学学报（自然科学版）》被引量为82674次，下载量为419668次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，2015年影响因子为0.59，在全部统计源期刊（6735种）中排第2405名，在大学学报（自然科学）（269种）中排第47名。

1999年，在建国50年评优活动中获“首届国家期刊奖”。

2001年，以“双高”期刊进入“中国期刊方阵”。

2002年，获得“第二届国家期刊奖”。

2003年，获得“百种中国杰出学术期刊”称号。

2005年，获得“第三届国家期刊奖提名奖”。

2011年，在工程与技术类大学学报中的综合评价总分排名第一，获得“中国百种杰出学术期刊”称号。

2013年，获中国科学技术信息研究所“中国科技论文统计源期刊”（包括1930种中文期刊和64种英文期刊）评选出的2013年度“百种中国杰出学术期刊” 荣誉称号。

图中文字为该刊的中文名，英文是该刊的英文名。

《清华大学学报》以“博通今古，融贯中西”，“阐发学理，宣扬文化”为宗旨。