办刊历史
1915年5月，以“清华学会”的名义创办《清华月刊》（中英文各半）。
1915年12月，《清华月刊》改由清华学校名义主办，含中英文两种版本，更名为《清华学报》，清华学校清华学报社编辑，清华学校印行出版。
1915年12月至1919年12月出版的1至5卷中，1、3、5、7期为英文版，2、4、6、8期为中文版；第5卷之1、3、5、7为中文版，2、4、6、8期为英文版。
1920年至1923年，《清华学报》停刊。
1924年6月，《清华学报》复刊后改为半年刊。
1928年，《清华学报》改由清华大学学报编辑委员会主办。
1931年，改为国立清华大学出版委员会编辑，学校出版事务所发行。
1934年，改为季刊。
1941年，改为半年刊。因抗日战争随校迁昆明出版。
1946年，迁回北平出版，内容渐以自然科学为主。
1955年，《清华学报》复刊，并更名为《清华大学学报》，为理工类的综合性期刊。
1966年，在文革的“疾风骤雨”扫荡下停刊。
1973年，《清华大学学报》以复刊出版。
1974年10月开始，
北京大学与
清华大学两校学报合刊为《清华北大理工学报》。
1974年10月—1976年5月，《清华北大理工学报》作为双月刊（其实刊期不定），共出版3卷8期，并曾出版过1975年第2卷的目次索引。前6期由《北京大学学报（自然科学版）》杂志编辑部编辑出版，后两期由《清华大学学报（自然科学版）》杂志编辑部编辑出版。
1986年，
清华大学创办了《清华大学学报（哲学社会科学版）》，理工类学报相应更名为《清华大学学报（自然科学版）》。
1996年，
清华大学创办了《清华大学学报（英文版）》。
1987年、1990年1994年出版摩擦学专辑，2003年为举办的摩擦学前沿研讨会的论文出版英文版专辑。
2001年，《清华大学学报 （自然科学版）》以“双高”期刊进入“中国期刊方阵”。
办刊条件
资源平台
清华大学学报编辑部自主开发并不断完善编辑部现代化管理系统；在期刊界首次将自己的全部过刊数字化；利用群发电子邮件方式，向定向的读者及时提供当期的学报论文目录。
清华大学学报编辑部利用马来西亚
金狮集团百盛基金会捐助基金设立了“百盛-清华学报优秀论文奖”。
截至2015年12月底，清华大学正在运行的科研机构共317个，其中：国家实验室（筹）1个，重大科技基础设施1个，国家大型科学仪器中心2个，国家重点实验室13个，国家工程实验室7个，国家工程研究中心4个，国家工程技术研究中心3个，教育部重点实验室17个，北京市重点实验室17个。
截止到2015年底，清华大学图书馆（含专业图书馆及院系资料室）的实体馆藏总量约491.2万册（件），形成了以自然科学和工程技术科学文献为主体，兼有人文、社会科学及管理科学文献等多种类型、多种载体的综合性馆藏体系。除中外文印刷型图书外，读者可使用的文献资源还包括：古籍线装书22万多册；期刊合订本约57.4万册；校馆统筹年订购印刷型中外文报刊2394种；本校博、硕士论文14.3万余篇；缩微资料2.8万种；各类数据库551个；全文电子期刊69737种；电子图书840.3万册，电子版学位论文353.3万篇。
栏目方向
《清华大学学报（自然科学版）》是中国最早同时以“大学校名”和“学报”冠名的期刊，是以客观的学术语言记录清华大学发展的编年史。开设研究动态、信息科学、机械工程、精密仪器与机械学、工程力学、汽车工程、水利与水电工程、核能技术等栏目。
《清华大学学报（哲学社会科学版）》主要刊发文史哲方面的研究论文，兼及经济学、法学、社会学等人文社会科学学科。在各学科栏目之外，还开设了名师讲堂、海外学者论坛、清华国学院与当代学术、期刊与评价、文献与考辩、讨论与评议等交叉学科的栏目。
《Tsinghua Science and Technology》主要刊登国内外的理工科基础理论研究与实验研究论文，反映学术上有特色、代表学科前沿、当前国际上科学界关心的科技研究成果，推动学术交流，促进研究成果的商品化和产业化，发挥科学技术为第一生产力的作用。
人员编制
截至2005年12月，清华大学建立了有10名中国
院士和5名美、英、俄等国院士的编委会，聘请1名外籍专家做语言编辑，接收过4人次国内访问学者。
加拿大工程院院士：
祝京旭（2004年－2010年担任学报英文版编委）等
建设成果
收录情况
《清华大学学报（自然科学版）》被CA美国化学文摘（2014）、CSCD中国科学引文数据库来源期刊（含扩展版）（2015-2016年度）、EI美国工程索引（2014）、JST日本科学技术振兴机构数据库（2013）、Pж（AJ）俄罗斯文摘杂志、SA英国科学文摘（2011）、万方、上海图书馆馆藏、剑桥科学文摘、北大核心期刊、国家图书馆馆藏、文摘与引文数据库、知网、统计源核心期刊、维普等中国国内外文献检索机构收录。
《清华大学学报（哲学社会科学版）》是全国中文核心期刊、中国人文社会科学核心期刊、中文社会科学引文索引（
CSSCI）来源期刊，入选教育部高校哲学社会科学名刊工程。
《Tsinghua Science and Technology》被
EI（2014）、
SCI、SA英国科学文摘（2011）、CA美国化学文摘（网络版）（2014）、CSCD中国科学引文数据库来源期刊（含扩展版）（2015-2016年度）、美国数学评论（网络版）、德国数学文摘、荷兰文摘与引文数据库、美国剑桥科学文摘、美国ProQuest 数据库、
中国科学引文数据库等收录，是国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏期刊。
研究开发
从1915年至1948年，先后共出版20卷，约90余期，并出版过1～10卷目录索引。
1950年以前发表有
梁启超、
王国维、
陈寅恪、
胡适、
金岳霖、
马寅初、
顾颉刚、
王力、
赵元任、
冯友兰、
闻一多、
朱自清、
俞平伯、
钱穆、
张岱年、
朱光潜、
梅贻琦、
叶企孙、
吴有训、
丁文江、
翁文灏、
顾毓琇、
周培源、
钱伟长、
张维、
张光斗等的论文近百篇。这些作品引领了当时的学术潮流，不少为所在学科的奠基之作或代表作，涉及哲学、历史、考古、宗教、语言、文学、教育、政治或曰“国学”和科学技术等广泛领域，多为原创性作品，至今仍为专业学者称道和引用。
据2004年的统计，近4年学报所发背景项目获得国家三大奖的论文达176篇。被Ei、CA、MR等文摘机构和数据库收录，并在中国期刊网等、万方数字化期刊网等全文上网。
截至2005年10月，《清华大学学报》共发表论文8000余篇。出版45卷，被Ei收录约4200篇，位居中国科技期刊的榜首，占同时期Ei收录清华大学论文总数的15%以上。在清华大学工作的两院院士中有41人在学报发表过300余篇论文，刊登与摩擦学相关的论文103篇，作者涵盖清华大学18个相关院系和国内其他29个单位。
截至2014年，76名清华大学两院院士中的62名院士在《清华大学学报（自然科学版）》发文629篇，在《Tsinghua Science and Technology》发文129篇，两刊合计758篇。
影响因子
据2016年10月
中国知网显示，《清华大学学报（自然科学版）》出版文献量10765篇，总下载量2264729次，总被引量119710次，2016版复合影响因子0.807、综合影响因子0.492。
据2016年10月
中国知网显示，《清华大学学报（哲学社会科学版）》出版文献量2649篇，总下载量1271408次，总被引量30248次，2016版复合影响因子1.446、综合影响因子0.940。
据2016年10月
中国知网显示，《Tsinghua Science and Technology》出版文献量2359篇，总下载量111222次，总被引量5165次，2016版复合影响因子0.946、综合影响因子0.488。
荣誉表彰
1999年，获得首届国家期刊奖。
2006年，《清华大学学报（哲学社会科学版）》在《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《高等学校文科学术文摘》三大权威文摘的文摘率居中国社会科学期刊文摘率第1位。
2002年，获得第二届国家期刊奖。
2004年，获得第三届国家期刊奖提名奖。
2008年，学报中文版被评为“首届中国精品科技期刊”。
2011年，《清华大学学报（自然科学版）》在工程与技术类大学学报中的综合评价总分排名第一，再次被授予“中国百种杰出学术期刊”称号。
文化传统
办刊宗旨
《清华大学学报》以“博通今古，融贯中西”，“阐发学理，宣扬文化”为宗旨，用至真、至善的精神为学术创新构筑了一个学术高地。
学报现象
清华学报现象：重视文史哲基础学科和跨学科研究，反对功利主义和浮躁学风，不是为转载率而办刊。重视“国情研究”，为中国社会发展献言献策。开设“期刊与评价”栏目，关注学术评价与期刊改革。改变编排规范，使学术期刊真正做到为学者服务、为学术服务。
现任领导
社会评价
西北大学学报编辑部主任
姚远、清华大学学报编辑部杜文涛2006年在其中国科学院知识创新工程、国家自然科学基金、中国高校自然科学学报研究会科技期刊学研究基金联合资助项目《〈清华学报〉的创刊及其历史意义》研究中认为：“《清华学报》为中国历史上最早使用中、英文2种版本出版的高校学报，奠定了中国文理综合性大学学报的基本模式，并将其推至极致；它摒弃清末民初期刊经由日本传入西学的传统渠道，开创了从欧美直接引入西学的新途径，为“五四”前夕科学与民主氛围的酝酿做出了重要贡献。”
河南师范大学学报编辑部在2012年《
河南社会科学》上发表的《论高校学报的精神内涵——以〈北京大学月刊〉、〈清华学报〉为考察对象》一文中认为：“以《北京大学月刊》、《清华学报》为例，它们最主要的任务就是发表那些具有“真研究”的学术文章，把追求科学精神的倡导落在实处。同时，为培养新人提供帮助。”
南京大学信息管理系吴林娟2011年在《
南京大学学报》上发表的《高校学报发展与学科评价瓶颈的突破——从《清华大学学报》2010年第5期“期刊与评价”栏目谈起》一文中认为：“《清华大学学报》2010年第5期“期刊与评价”栏目刊发了分别论述高校文科学报和人文社会科学研究评鉴的两篇文章，对各自独特观点的详尽分析和论述引人深思。”
西北大学学报编辑部主任
姚远等学者在2015年《
科技与出版》上发表的《清华大学两院院士在本校期刊发文的初步分析》认为《清华大学学报》与学校高水平学术成就的高关联性和高依存度，从而构筑了中国高水平的自然科学和工程技术学术平台；《清华大学学报》等清华大学期刊既面向国际，又立足该校，形成了对教学科研全方位的立体支撑，并在展示与引领学术研究潮流、记载和传承科学文化、培养学术顶尖人才、扶持学术新秀方面发挥了不可或缺的重要作用。