清华大学合肥公共安全研究院是清华大学的派出研究院，由清华大学、安徽省、合肥市三方共建的新型产学研用一体化科技创新平台和成果转化基地。

2013年12月30日，清华大学与合肥市人民政府联合建设清华大学合肥公共安全研究院签约仪式在合肥举行。清华大学校长陈吉宁，常务副校长程建平，安徽省委常委、常务副省长詹夏来，安徽省委常委、合肥市委书记吴存荣出席了签约仪式。

“清华大学与安徽颇有渊源，邓稼先、杨振宁等清华人均来自安徽。”陈吉宁校长在致辞中表示，清华大学将与合肥市强强合作，联合建设清华大学合肥公共安全研究院，将清华大学的技术和人才优势与地方政府产业发展引导和扶持推动相结合，通过建立科技创新平台、设立公共安全检验测试中心、打造公共安全产业园三个层面合作，建成有国际影响、国内领先的公共安全学科发展与产业转化基地。

吴存荣在签约仪式上对清华大学在合肥建设研究院表示热烈欢迎，并认为研究院的建立将为合肥市打造“大湖名城、创新高地”，建设国家科技创新型试点市注入强大而新鲜的活力。吴存荣表示，合肥市将全力以赴，加快步伐，推动清华大学合肥公共安全研究院早日出成果、出示范、出效益。

清华大学公共安全研究院副院长袁宏永告诉记者，研究院将主要围绕智慧安全城市开展研究，“我们将会在合肥建立一个虚拟的城市系统，研究城市洪涝灾害、食品安全等，旨在防止各类突发事件所给城市带来的各种衍生灾害。”

2021年6月，清华大学合肥公共安全研究院党总支入选“安徽省先进基层党组织”拟表彰对象。

2022年3月30日，被命名为2021-2025年第一批全国科普教育基地。

2022年5月，清华大学合肥公共安全研究院个体防护装备研发测试系统创新团队被授予第25届“安徽青年五四奖章集体”。