清华大学公益慈善研究院是由民政部和清华大学联合发起成立的科研机构。

清华大学公益慈善研究院前身可追溯至1998年10月在清华大学21世纪发展研究院下设的“清华大学NGO研究中心”，由王名教授领衔创设，是国内最早专门开展非政府组织研究的学术机构。

2015年4月26日，清华大学公益慈善研究院成立仪式暨公益慈善新趋势论坛在北京举行，全国政协委员、清华大学教授王名出任首任院长。

清华大学公益慈善研究院开展四个方面的研究：一是公益慈善的制度和体制研究；二是公益慈善的组织和治理研究；三是公益慈善的资源和项目研究；四是公益慈善的价值和文化研究。研究院将努力发展成为一个体现国家战略、融入创建一流大学进程、致力于公益慈善研究与人才培养体系建设的国家级智库，为推动中国公益慈善事业的发展作出积极贡献。