2016年10月18日，国家发展改革委和清华大学共同发起的清华大学中国新型城镇化研究院在京成立，国家发展改革委胡祖才副主任和清华大学陈旭书记共同为研究院揭牌。

清华大学中国新型城镇化研究院是清华大学自主批建机构之一，是落实2015年习近平主席访英成果的重要举措，也是中国新型城镇化创新研究工作方面具有标志性意义的一件大事。研究院围绕中国新型城镇化实践，借助国家发改委的统筹协调优势和清华大学的综合学科优势，强化学科交叉研究、基础数据库建设、理论与实践结合、中英等国际交流合作，为相关决策提供高质量研究成果和政策建议，努力建设具有国际影响力的新型城镇化国家级高端智库。

清华大学中国新型城镇化研究院将凝聚政府、高校和科研机构、企业、社会及国际等多方力量的发展导向，发挥国家发展改革委的政策协调作用和清华大学的综合科研实践优势，围绕新型城镇化的重大理论、政策和实践问题开展研究，逐步建设成为新型城镇化领域的国家级专业智库、高端人才培养基地和国际交流中心，为中国特色新型城镇化建设提供理论保障、智力支持和技术支撑。

清华大学中国新型城镇化研究院领导小组组长由国家发展改革委胡祖才副主任和清华大学陈旭书记共同担任。研究院领导小组会议每年定期召开。

2017年11月9日，研究院第二次领导小组会议在清华大学举行。

清华大学中国新型城镇化研究院聘请陈昌智为研究院专家顾问委员会主任委员，中国科学院院士徐冠华、第十二届全国人民代表大会财政经济委员会副主任委员辜胜阻、国务院发展研究中心副主任王一鸣，国务院参事徐宪平、中国社会科学院副院长蔡昉、第十三届全国政协常委杨伟民为副主任委员，国务院参事马力、中国疾病预防控制中心原主任王宇等34人为专家顾问委员。

清华大学中国新型城镇化研究院围绕新型城镇化的重大理论、政策和实践问题开展研究和实践工作，包括但不限于以下领域：农业转移人口市民化、城市综合功能和品质提升、城市群规划建设、新型城镇化的绿色化路径、智慧城乡体系建设、城乡统筹发展等。

受国家发展改革委委托，清华大学中国新型城镇化研究院三次承担国家新型城镇化综合试点第三方评估工作，以及超大特大城市发展状况评估、国家城乡融合发展试验区阶段性评估等。

2017年，清华大学中国新型城镇化研究院受国家发改委委托，对部分国家第一批新型城镇化综合试点进行阶段性评估，完成了各试点评估报告的撰写。

2016年10月，清华大学中国新型城镇化研究院作为牵头单位开始进行国家新型城镇化大数据库研发建设工作，于2017年3月完成国家新型城镇化大数据原型搭建。

2017年，清华大学中国新型城镇化研究院受国家发展改革委邀请参与编制《国家新型城镇化报告2016》，该报告于2017年6月正式出版。随后持续为《国家新型城镇化报告2017》 《国家新型城镇化报告2018》提供数据和资料支撑。

2019年，清华大学中国新型城镇化研究院先后出版《走以人民为中心的城镇化中国道路——中国城镇化大势与对策研究》和《中国都市圈发展报告2018》，并于2021年出版都市圈系列著作第二本——《中国都市圈发展报告2021》。

2017年2月20日，清华大学中国新型城镇化研究院面向社会开展第一期重大科研课题申报和研究工作。

“中国新型城镇化理论•政策•实践论坛”是清华大学中国新型城镇化研究院常设论坛，聚焦新型城镇化发展的理论构建、政策建议和实践指导，邀请国内外高校、科研机构、企业和政府的代表，围绕特定主题展开交流讨论。已成功举办五届。

2016年10月18日于清华大学举办了“2016中国新型城镇化理论·政策·实践论坛暨清华大学中国新型城镇化研究院成立仪式”。

2017年11月9日-10日，研究院主办的“第二届中国新型城镇化理论·政策·实践论坛”在清华大学举办。

2020年9月25日，“中国新型城镇化理论·政策·实践论坛2020”在清华大学艺术博物馆四层多功能厅举行。

为引领青年学子关注和讨论城镇化发展的关键议题，提升当代青年的时代责任感，推动公众理解中国发展转型的复杂性，清华大学中国新型城镇化研究院发起并主办“新型城镇化主题辩论赛”。辩论赛已成功举办三届。

2017年3月-5月，清华大学中国新型城镇化研究院主办的首届京津高校新型城镇化主题辩论赛在清华大学举行。本次比赛共有来自包括清华大学、北京师范大学、中国传媒大学在内的十六所京津高校的辩论队参与其中。

2018年7月10-16日，第二届新型城镇化主题辩论赛暨西咸新区杯· 国际名校邀请赛在西安交通大学举办，　共有来自英国、澳大利亚、加拿大和中国本土的24支知名大学参赛。

2019年10月25-30日，第三届新型城镇化主题辩论赛暨福州杯•国际名校邀请赛在福州大学举行。北京大学、复旦大学、澳门大学等来自全球24所知名大学的华语辩论队参与本届比赛。