深层结构是结构主义语言学和结构主义哲学用语。与“表层结构”相对。为乔姆斯基所提出。在语言学上，指短语或句子成分之间的内在语法关系。被认为是先验的，表现为多种表层结构，但其本身却不能直接看见，只能从表层结构中分析出来。

语言的深层结构是语言的结构方法语法分析，可以使句子的意义更加明确。结构主义语言学的结构观点推广运用于其他社会科学时，深层结构也用以指各种社会可见现象之成分之间的组合关系，如莱维一施特劳斯所说的神话的神话素结构、亲属关系的亲属结构等。深层结构分析在其他学科中用于分析成分之间的组合关系时，有一定的随意性，不能达到认识事物本质的目的。