截至2023年12月，深圳市妇幼保健院全院在岗职工2333人，卫生专业技术人员2035人，占全院职工87.23%；现有正高186人，副高306人，博士106人，硕士600人；博士生导师5人，硕士生导师60人。拥有地方级领军人才4人，
孔雀计划C类人才7人，临床型实用人才2人，后备级人才5人，特聘岗位9人。
现已在全市建立以深圳市妇幼保健院为龙头，各区妇幼保健院为支撑，由市、区妇幼保健院、综合医院、社康中心组成的两级三层妇幼保健网络，全市孕产妇死亡率、婴儿死亡率、5岁以下儿童死亡率等妇幼健康核心指标保持在发达国家水平，妇女儿童健康水平稳居全国前列。
深圳市妇幼保健院具有
第三代试管婴儿技术（胚胎植入前遗传学检测技术，PGT）正式运行资质。
预防保健科 /内科 /外科(乳腺外科、甲状腺外科) | 普通外科专业 | 泌尿外科专业 /妇产科 | 妇科专业 | 产科专业 | 计划生育专业 | 优生学专业 | 生殖健康与不孕症专业 /妇女保健科 /儿科(儿内科) | 新生儿专业 /小儿外科 /儿童保健科 /眼科 /耳鼻咽喉科 /口腔科 /皮肤科 /精神科 | 临床心理专业(门诊) /肿瘤科 /急诊医学科 /康复医学科 /麻醉科 /医学检验科 | 临床体液、血液专业 | 临床微生物学专业 | 临床化学检验专业 | 临床免疫、血清学专业 | 临床细胞分子遗传学专业 | 其他(分子生物学专业) /病理科 /医学影像科 /中医科 | 内科专业 | 妇产科专业 | 儿科专业 | 针灸科专业 | 推拿科专业 | 康复医学专业
深圳市妇幼保健院拥有1个国家临床重点专科：新生儿科；2个国家保健特色专科：新生儿保健特色专科、孕产期保健特色专科；1个广东省高水平临床重点专科：新生儿科；2个广东省临床重点专科：产科、儿科；2个广东省保健特色专科：新生儿保健特色专科、更年期保健特色专科；1个广东省中医重点专科：中医妇科；4个深圳市医学重点专科：产科、新生儿科、生殖医学科、妇幼卫生与儿童保健专科；1个深圳市中医特色专科：中医妇科；2个深圳市重点实验室：深圳市孕产疾病与母婴健康重点实验室、深圳市出生缺陷预防控制重点实验室。拥有全国首批产前超声培训基地、全国新生儿
围产期医学专科医师培训基地、全国
子宫颈癌早诊早治示范基地、国家级儿童早期发展示范基地等多个国家级基地。
深圳市妇幼保健院
国家重点研发计划、
国家自然科学基金重点项目等重大科研项目立项获得历史性突破，2023年国家自然科学基金项目、
SCI论文数和影响因子均创新高，近五年课题总经费达6200余万。加大科研投入和完善科研激励机制，设立院内科研基金项目，培育优秀科研人才。近年获
中华医学科技奖、
宋庆龄儿科医学奖、国家卫生健康委科技兴院典型奖、广东省科技进步奖4项、深圳市科技进步奖8项。“三名工程”助力学科发展，现有7个“三名工程”团队，在引进团队的指导下，依托科室学科建设与综合实力提升显著。现为国家药物/医疗器械临床试验机构，现已备案有妇科、产科、新生儿科、儿科、医学遗传中心、检验、口腔、皮肤科等具有妇幼特色的药械专业组30余个，承接项目逐年递增。
深圳市妇幼保健院将秉承“保障母婴安康、提高出生人口素质”的办院宗旨，弘扬“团结、耐劳、慎独、向上”的院训精神，大力推进医院学科建设和人才培养，实现医院医疗、教学和科研全方位发展，努力构建国内一流的集约型、服务型、创新型妇幼保健服务体系，向“树立市妇幼优质品牌，打造广深医疗高地，创建粤港澳大湾区妇幼保健医疗中心，推进健康深圳建设”的目标努力奋斗。