藻种库在开展藻种保藏和提供等日常业务工作的基础上，十分重视开展藻种保藏、资源利用以及与环境相关的基础和和应用研究。在国内较深入地开展了蓝藻水华的分布、种类组成、发生和产毒特性上研究，为我国水体保护提供了极为重要的基础积累；开展了经济藻类资源分布和利用的研究，如产油藻类的筛选工作等。

负责淡水藻种资源的收集、鉴定、保藏、供应、功能挖掘、评价以及国际合作交流。主要工作范围和职责为：1）藻种分离、纯化和保藏；2）藻种培养和保藏技术研究；3）资源共享和对外服务；4）藻种筛选评价方法和标准化建设；5）为科学和产业部门提供支持和服务。

科研研究以及未来藻类能源研究需要对各种藻进行营养分析和适宜环境研究，企事业单位的科研人员需要获取相当重要的藻种种源，同时避免科研人员浪费大量时间重复筛选藻种的劳动。

淡水藻种库是我国藻类资源保藏、资源利用的专业机构。致力于我国淡水藻种的收集、保藏和功能挖掘，同时为国内外提供高质量、多样化的藻种资源以及相关的特色服务。未来5-10年，致力于成为国际知名的藻种保藏库。

保藏不同门类的淡水藻种，含部分海洋和咸水微藻；尤其大量保藏我国不同区域水华、土壤荒漠和能源微藻藻种。注重藻种资源经济价值的挖掘和藻类在水环境、水生态治理方面的应用。

淡水藻种保藏藻种以淡水藻种为主，包括了部分海洋和咸水藻种，保存藻种3000余株，隶属于169属，包括了蓝藻门、绿藻门、硅藻门、裸藻门、红藻门、甲藻门、隐藻门、金藻门、黄藻门9个门类。保藏种类以淡水藻类为主，含有部分海洋和咸水微藻。近十年来，针对日益严重的环境和能源问题，藻种库聚焦目标，着重采集并大量分离保藏我国典型区域和典型生境的淡水水华藻类、荒漠藻类和能源藻类等。

2011年，藻种库搬迁至新实验大楼一楼，占地面积达280平方米。按照洁净室标准设计，具有三个不同温区，可容纳藻株保藏数达10000株。另外，还设计了藻种分离室、超低温液氮保藏室和特殊藻种保藏室等不同的功能分区。2011年，加入中科院水生所公共技术研发与服务部，库运行和研究的硬件设施条件得到进一步改善。

中国科学院淡水藻种库前身是中国科学院水生生物研究所藻类研究室藻种保藏室，始建于上世纪五十年代后期，正式成立于1973年。学部委员黎尚豪 (1917-1993) 和前任淡水藻种库主任俞敏娟 (至1995年) 为库的建立和发展奠定了基础，现任主任 (1996年-) 为宋立荣研究员 (Song et al, 1999)。1996年，淡水藻种库作为首批成员单位，加入新成立的中国科学院典型培养物保藏委员会。2010年，典型培养物保藏委员会更名为中科院野生生物资源库。2004年藻种库加入世界微生物数据中心 (WDCM, http://www.wdcm.org/)，编号为WDCM 873。2008年，代表中国成为亚太藻种保藏库网络发起成员 (AOACC, http://mcc.nies.go.jp /AOACC/Home.html)。2014年，加入科技部科技基础条件平台地球系统科学数据共享平台。2016年，中科院野生生物资源库更名为中科院生物遗传资源库。