祖师庙建于1937年,但其奉祀之「落鼻祖师」早在咸丰年间即有街民供奉,每遇天灾人祸,皆会落鼻示警预告乡人,常为
沪尾附近居民所尊敬,以同治年间显神通救石门乡民免地震之灾,最为人所流传,
中法战争也相传祖师爷大显威灵惧退法兵而获光绪皇帝御笔所赐之「功资拯济」匾额。一直到昭和年间才经地方人士发起建庙,於1932年在原萧府王爷庙址破土兴建。
祖师庙殿宇轩昂,装饰精美,名匠师黄龟理之木雕、陈天乞之交趾陶、张木成之石雕等件品充栋,可称是淡水民艺宝库。每逢五月初六清水祖师祭典,更是香客阵头云集,热闹滚滚,不逊於外国嘉年华会。