海淀区妇幼保健院始建于1983年，已逐渐发展成为一所集保健、医疗、科研、教学于一体，具有一定规模的三级甲等妇幼保健机构。

2023年8月1日，海淀区妇幼保健院旧址改造工程开工，为市属重点工程，预计2025年9月完工，2026年投入使用。施工方为北京昊海建设有限公司。

2024年12月28日上午，北京市海淀区妇幼保健院北部新院区交付暨医院合作签约仪式举行。

海淀区妇幼保健院主院区即北部新院区。主院区是正在建设中的北部医疗中心建设项目中的一部分，计划于2024年竣工，2025年投入使用。项目总建筑面积约18.3万平方米，占地面积7.52公顷。其中地下三层，总建筑面积约10万平方米，地上六层，总建筑面积约8.3万平方米。

北部医疗中心建设项目由海淀妇幼与北医三院按照1比1划分面积，海淀妇幼北部新院区面积9万余平方米。

海淀区妇幼保健院分院区即妇幼保健院旧址。旧址改造项目是市属重点工程，预计2025年9月完工，2026年投入使用。预计建成后总面积22372平方米，其中地上13084平方米，地下9288平方米。项目地上5层，地下3层，开放床位150张。

海淀区妇幼保健院主院区（北部新院区）：配置产科床位200张，儿科床位200张。设立妇科、乳腺科便民门诊，以及生殖医学等相关业务。建设儿童诊疗中心，设立海淀区妇女儿童服务工作者的培训中心。

海淀区妇幼保健院分院（旧址）：主要为产科大门诊及便民门诊，设置妇科门诊和病房、乳腺科门诊，产科特需服务，为海淀南部地区居民提供建档服务。此外，还会设置儿科便民门诊。