海洋生物研究所世界上历史最早的海洋生物研究所是由L．Dutbiers建立的罗斯科夫（Roscoff）研究所，它附属于巴黎大学（1872）。

已经肯定，生命起源于海洋，进化也是长期在海洋中进行的。现有动物，除昆虫类和陆生高等脊椎动物外，其它各门都生存在海洋中。进化论的提出激起了生物学家们注意对动物系统进化知识的探求而面向海洋。海产生物研究所就是为此而建立的一个研究据点。

其次是德国的A．D．Dohrn私费在意大利那波里（Napoli）兴建的Stazzione Zoologiea（1874）。其中设有世界第一个海产动物水族馆。水族馆命名为Aquario，闻名于欧洲。

在北美，首先是L．Agassiz在Penikies岛进行了海产生物实习。实习场所于1888年移至美国本土，规模相应扩大，一直发展到今天的Woods Hole Marine Biological Laboratory。

日本在1887年由箕作佳吉提议兴建东京帝国大学理学院附属研究所，于二年后完成。该研究所后来迁移至油壶（1899），也就是三崎临海实验所。

海洋生物研究所不单单研究分类系统问题，而且很早就开始对受精卵进行观察，对发生学有过很大贡献。生物科学进入生理学时代以后，由于海产动物的体内环境在渗透压方面与周围的海水处于平衡状态，因此用它作为某种研究材料比用空气或淡水中的动物要方便得多，由此取得的成绩也是相当大的。例如空棘鱼的发现；海胆卵研究的成果对胚胎学所作的贡献；枪乌贼的巨大神经纤维的研究对阐明神经兴奋传导和膜的组成所作的贡献等。海洋生物研究所也是研究藻类的一个据点。

另外，当前海洋污染日趋严重，海洋生物研究所对大海必将成为起着自然保护桥头堡的作用。