海洋生态环境保护，人类为解决海洋（包括海岸带）现实或潜在的生态破坏和环境污染问题，维持海洋经济可持续发展而进行的各种保护措施。

其内容涉及工程技术、行政管理、司法、规划、经济、宣传教育等方面。广义的理解还应包括海洋生态环境科学理论与方法的探索研究。长期以来，人们只注重海洋资源的开发利用，而忽视了海洋资源的恢复保护；只注重眼前和局部的经济利益，而忽视了整体效益的发挥和海洋经济的可持续发展。

近几十年来，中国海岸建筑工程、挖砂、围堰养殖等人为活动已使得某些岸线变形，景观受到破坏；过度的渔业捕捞造成生物多样性锐减；工业废水、生活污水和养殖业自身排放的污水导致海水和沉积物污染程度日益严重，赤潮事故频繁发生，重金属等惰性污染物则通过食物链对人体产生毒害。

海洋生态环境保护的手段可以归纳为以下几方面：

①严格按照国家颁布的海洋环境保护法律、法规和条例，对海洋资源利用活动的水动力学、环境学、生态学影响进行充分评估，加强海域使用审批管理，实施海域使用证制度和有偿用海制度。

②根据本地的经济发展方向和资源利用现状，对管辖海区进行环境功能区划。

③采用经济手段强化海洋生态环境的管理。

④协调陆域环保部门和海洋环保部门的关系，确定海洋环境容量，通过实施清洁生产和建设生态工业，降低陆域污染物的入海总量。

⑤利用生态工程等高新技术对已受破坏或污染的海域进行治理和恢复。

⑥建立和完善海洋监测和信息管理系统，对海域环境进行实时监控和有效保护。