按国家海洋局2006年1月16日颁发实施的《海洋特别保护区管理暂行办法》所称的海洋特别保护区，是指“对具有特殊地理条件、生态系统、生物与非生物资源及海洋开发利用特殊需要的区域采取有效的保护措施和科学的开发方式进行特殊管理的区域。”按该办法的规定，下列区域可以建立海洋特别保护区：①海洋生态系统敏感脆弱和具有重要生态服务功能的区域；②资源密度大或类型复杂、涉海产业多、开发强度高，需要协调管理的区域；③领海基点等涉及国家海洋权益的区域；④具有特定保护价值的自然、历史、文化遗迹分布区域；⑤海洋资源和生态环境亟待恢复、整治的区域；⑥潜在开发和未来海洋产业发展的预留区域；⑦其他需要予以特别保护的区域。

中国第一个海洋特别保护区是乐清西门岛海洋特别保护区。西门岛位于浙江省乐清湾北部，隶属于温州乐清市雁荡镇。西门岛滩涂湿地总面积为2.8万亩，有缢蛏、泥蚶、彩虹明樱蛤、珠带拟蟹守螺等37种岩礁性生物和92种泥滩生物。乐清湾滩涂湿地（包括西门岛滨海湿地）被国际鸟类保护联盟列为重要鸟区，拥有世界级濒危鸟类黑嘴鸥、黑脸琵鹭、国家二级保护动物黄嘴白鹭、斑嘴鹈鹕以及大量湿地水鸟。西门岛的红树林区，是全国最北端的一片红树林。

江苏：

南通蛎蚜山牡蛎礁海洋特别保护区（2006年）

连云港海州湾海湾生态与自然遗迹海洋特别保护区（2008年）

浙江：

乐清西门岛海洋特别保护区（2005年）

嵊泗马鞍列岛海洋特别保护区（2005年）

普陀中街山列岛海洋生态特别保护区（2006年）

渔山列岛国家级海洋生态特别保护区（2008年）

山东：

昌邑海洋生态特别保护区（2007年）

东营黄河口生态国家级海洋特别保护区（2008年）

东营利津底栖鱼类生态国家级海洋特别保护区（2008年）

东营河口浅海贝类生态国家级海洋特别保护区（2008年）

东营莱州湾蛏类生态国家级海洋特别保护区（2009年）

东营广饶沙蚕类生态国家级海洋特别保护区（2009年）

文登海洋生态国家级海洋特别保护区（2009年）

龙口黄水河口海洋生态国家级海洋特别保护区（2009年）

威海刘公岛海洋生态国家级海洋特别保护区（2009年）

烟台山国家级海洋公园（2014年）

蓬莱国家级海洋公园（2014年）

招远砂质黄金海岸国家级海洋公园（2014年）

威海海西头国家级海洋公园（2014年）

辽宁：

盘锦鸳鸯沟国家级海洋公园（2014年）

辽宁绥中碣石国家级海洋公园（2014年）

觉华岛国家级海洋公园（2014年）

大连长山群岛国家级海洋公园（2014年）

大连金石滩国家级海洋公园（2014年）

青岛西海岸国家级海洋公园（2014年）

广东：

广东南澳青澳湾国家级海洋公园（2014年）

2010年9月，为进一步健全开发与保护相协调的海洋生态保护法规制度，根据《中华人民共和国海洋环境保护法》第23条的规定以及国务院“三定”规定，国家海洋局下发了《海洋特别保护区管理办法》（以下简称《办法》），以及 《国家级海洋特别保护区评审委员会工作规则》 《国家级海洋公园评审标准》等配套文件。此举对加强海洋特别保护区生态系统及其功能的保护和恢复，科学合理利用海洋资源，促进海洋经济与社会的可持续发展具有重要的意义。