海洋保护项目的目标，通过借助SEE基金会社会化公益平台的资源，对接政府、企业和公众，保护关键海洋物种和关键栖息地，保护海洋；通过重塑可持续渔业管理，保障海洋食物供给，并在这个过程中，带动整个海洋环保行业发展；同时，通过中国-东盟、APEC等国际合作，贡献SEE基金会海洋保护国际力量。

2021年项目成立以来，支持超过60家本土海洋公益组织发展，救护放归超过320只海龟、350头白海豚，保护和修复超20,000公顷的红树林、海草床、珊瑚礁等关键海洋生态系统；与多家海洋科研院所合作开展研究，并与多个滨海社区及渔民团体进行社区共管合作，推动社会多方力量助力全球海洋保护工作。

为了协助蓝色伙伴关系原则（草案）的推广，SEE基金会联合浙江蚂蚁公益基金会（以下简称蚂蚁公益）等社会公益力量共同发起“蓝色伙伴关系行动”项目（以下简称蓝伙行动），通过推动社会公益组织、私营企业、科研院所、国际组织、各国政府机构等蓝色伙伴间的相互合作，实现基于自然的解决方案的落地和推广，促进可持续利用和保护海洋生态系统，贡献《联合国2030可持续发展议程》目标14的实现。

该项目首期计划在未来三年内聚焦中国-东盟区域，投入不少于500万人民币，开展海洋资助的相关工作。首批资助金额将由SEE基金会与蚂蚁公益共同支持。

2023年10月24日，生态环境部办公厅正式发布4项温室气体自愿减排项目方法学，其中由自然资源部第三海洋研究所、SEE基金会牵头，多家机构共同参与编写的《温室气体自愿减排项目方法学 红树林营造（下简称：红树林方法学）》。