海峡两岸关系协会会长陈云林与
海峡交流基金会董事长江丙坤2009年4月26日在南京签署《海峡两岸空运补充协议》。
协议内容
飞行航路
双方同意在台湾海峡北线航路的基础上开通南线和第二条北线双向直达航路，并继续磋商开通其他更便捷的新航路。
运输管理
双方同意两岸定期航班使用的运输凭证及责任条款，参照两岸现行作业方式管理。
承运人
双方同意可各自指定两岸资本在两岸登记注册的航空公司，在本补充协议附件规定的航点上经营分别或混合载运旅客、行李、货物及邮件的定期和不定期航空运输业务，并事先知会对方。撤销或更改上述指定时亦同。
通航航点
双方同意两岸通航航点沿用《海峡两岸空运协议》的规定，并可根据市场需求经双方协商确定增开新的航点。
航空运价
双方同意两岸航空公司应向两岸航空主管部门提交定期航班的运价。
代表机构
双方同意两岸航空公司可在对方区域通航地点设立代表机构，并自行或指定经批准的代理人销售航空运输凭证、从事广告促销及运行保障（运务）等与两岸航空运输有关的业务。上述代表机构的工作人员应遵守所在地规定。
互免税费
双方同意在互惠的基础上，磋商对两岸航空公司与经营活动有关的设备和物品，相互免征关税、检验费和其他类似税费，具体免税费项目及商品范围由双方共同商定，并对两岸航空公司参与两岸航空运输在对方取得之运输收入，相互免征营业税及所得税。
收入汇兑
双方同意两岸航空公司可随时将其在对方区域内取得的收入按照所在地规定的程序兑换并汇至公司总部所在地或其他指定地点。
航空安全
双方同意建立航空安全联系机制，相互提供一切及时和必要的协助，共同保障两岸航空运输的飞行安全及旅客的人身财产安全。发生危及航空安全事件或威胁时，双方应相互协助，采取适当的措施，以便迅速、安全地结束上述事件或威胁。
辅助事项
双方同意有关证照查验、适航认证、机场安检、检验检疫、地面代理、资料提供、服务费率等事宜，参照航空运输惯例和有关规定办理，并加强合作，相互提供便利。
十一、适用规定
双方同意两岸航空公司在对方区域内从事两岸航空运输，应适用所在地有关规定。
十二、联系机制
双方同意两岸航空主管部门建立联系机制，视必要随时就两岸航空运输的相关事宜进行沟通并交换意见。
十三、实施方式
本补充协议议定事项的实施，由双方航空主管部门指定的联络人，使用双方商定的文书格式相互联系，并相互通报信息、答复查询等。
双方对协议的实施或者解释发生争议时，由两岸航空主管部门协商解决。
十四、签署生效
本补充协议自签署之日起各自完成相关准备后生效，最迟不超过六十日。
本补充协议于四月二十六日签署，一式四份，双方各执两份。
附件：海峡两岸航路及航班具体安排
会长 陈云林 董事长 江丙坤
.......................................
附件:
路线安排
依据本协议第一条、第三条、第四条，议定具体安排如下：
新辟航路
双方同意由两岸空（航）管部门以适当方式，就建立南线
广州与
台北飞行（航）情报区直达航路、第二条北线上海与台北飞行（航）情报区直达航路及空（航）管直接交接程序进行联系并作出具体安排。
南线飞航路线为：
自N22°57'00〃 E116°21'36〃经双方议定管制交接点N23°00'00〃 E117°30'00〃至N22°36'15〃 E117°57'16〃双向使用。
第二条北线飞航路线为：
自N30°45'46〃 E123°41'39〃经双方议定管制交接点N28°41'57〃 E123°41'39〃至N27°56'18〃 E123°41'39〃双向使用。
客运
（一）承运人
除上海（浦东）与桃园和
台北松山机场航线双方各指定四家航空公司外，其余航点每条航线双方各指定二家航空公司承运。
（二）航点
1．大陆方面同意在现有北京、上海（浦东）、广州、
厦门、南京、
成都、重庆、杭州、大连、桂林、深圳、武汉、福州、
青岛、长沙、海口、昆明、西安、沈阳、天津、郑州等二十一个航点基础上，新增合肥、哈尔滨、南昌、贵阳、宁波、
济南等六个航点。上述二十七个航点可经营定期航班。
2．台湾方面同意
桃园与高雄航点可经营定期航班，其余台北松山、台中、澎湖（马公）、花莲、金门、台东等六个航点为客运包机航点。
（三）班次
双方同意客运定期航班和包机班次总量为每周共二百七十个往返班次，每方每周一百三十五个往返班次。其中以下航点每方每周往返班次不超过：
1．大陆方面：上海（浦东）二十八班；北京十班；深圳十班；广州十四班；昆明十四班；成都十四班。
2．台湾方面：台北松山二十一班。
其他航点可根据市场需求在航班总量范围内安排定期航班或包机。
货运
（一）承运人
每条航线双方各指定二家航空公司承运。
（二）航点
1．大陆方面同意上海（浦东）、广州航点可经营定期航班。
2．台湾方面同意桃园、高雄航点可经营定期航班。
（三）班次
双方同意货运定期航班和包机班次总量为每周共二十八个往返班次，每方每周十四个往返班次。其中广州每方每周七个往返班次，上海（浦东）每方每周七个往返班次。
（四）腹舱载货
双方同意相互开放客运定期航班腹舱载货。
四、其他事宜
双方同意在有定期航班飞行的航线上原则上不再许可包机飞行。