海南麒麟菜省级自然保护区位于文昌市和琼海市，保护区总面积90平方公里，共有3个片区，分别是抱虎角片区25平方公里、春桃村至冯家村片区40平方公里、三更峙至草塘村片区25平方公里。其中文昌境内面积65平方公里，琼海境内面积25平方公里。保护区划分为核心区、缓冲区和实验区。核心区面积36．81平方公里，缓冲区面积19．29平方公里，实验区面积33．9平方公里。主要保护对象为麒麟菜及其自然生境，包括珊瑚礁生态系统、海草床生态系统。属于“自然生态系统类”的“海洋与海岸自然生态系统类型”。

海南麒麟菜省级自然保护区前身是文昌麒麟菜水产资源保护区，文昌麒麟菜水产资源保护区是1983年经广东省人民政府以粤府函[1983]63号文批准建立，保护区面积14225公顷，重点保护对象为麒麟菜。

1993年初，经海南省人大常委会决定建立麒麟菜自然保护区。

1993年5月31日，海南省第一届人民代表大会常务委员会第二次会议通过的《海南省实施〈中华人民共和国渔业法〉办法》第三十条规定而建立成麒麟菜自然保护区。

2021年，海南麒麟菜省级自然保护区范围和功能分区已经省政府批准。

海南麒麟菜省级自然保护区位于海南省文昌市和琼海市境内。

海南麒麟菜省级自然保护区总面积90平方公里，共有3个片区，分别是抱虎角片区25平方公里、春桃村至冯家村片区40平方公里、三更峙至草塘村片区25平方公里。其中文昌境内面积65平方公里，琼海境内面积25平方公里。保护区划分为核心区、缓冲区和实验区。核心区面积36.81平方公里，缓冲区面积19.29平方公里，实验区面积33.9平方公里。

海南麒麟菜省级自然保护区主要保护对象为麒麟菜及其自然生境，包括珊瑚礁生态系统、海草床生态系统。