研究院的愿景是通过与国内外海洋经济企业的紧密合作，将研究院打造成集人才培养、专业研究、知识创新和技术转移为一体的综合性平台。研究院以海洋经济发展的优先领域为核心展开各项研究和咨询活动，显著提高海洋经济发展的科技支撑力，推动海洋经济科学发展。
研究院立足南海、面向国际，将研究创新中心和知识转移中心进行管理和运作，围绕先进材料、港口物流与服务、海洋产品和可持续海洋环境管理四大主题，开展具有国际竞争力的创新应用技术研究，推动
海洋高技术的发展。同时，还将通过有效的商业合作与技术转移，拓展拓宽科研创新平台与国内外合作网络，加速科研、培训和创新能力构建，从而积极服务于海南以及中国海洋经济的发展。研究院除了委任资深专家带领高层次科研创新团队进行相关领域的科研工作，还将与国内外企业紧密合作，共同推进知识交流和技术转移，促进海洋科技成果产业化。
研究院成立以来，围绕南海开发等专题开展了南海渔业合作区的各类研究，承办了三沙渔业模式专题学术研讨、南海经济开发论坛等学术活动，对海南沿海海洋渔业产业进行了系统性调研，为海南渔业集团等相关单位提供了战略咨询和产业研究。