建省以来，特别是海南出入境检验检疫局成立后，检验检疫机构不断充实完善。设立了三亚、八所、洋浦、清澜四个分支局及海口美兰国际机场、海口保税区、海口港、马村港、三亚凤凰机场、洋浦保税港区六个办事处，形成了一个以海口为中心，以三亚、八所、洋浦、清澜为周边，覆盖全岛，基础设施建设日趋完善，逐步适应海南对外开放和出入境检验检疫工作需要的较完整的国境口岸卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验的出入境检验检疫机构网络和体系。

认真执法、严格把关，是国家赋予出入境检验检疫机构的神圣职责，服务外贸、服务地方经济建设是出入境检验检疫机构义不容辞的义务。海南检验检疫局始终以把关服务为宗旨，把服务寓于把关之中，在把关之中体现服务，较好地促进了海南的对外经济的发展，保护国境口岸卫生的安全和农林牧渔的生产安全。

2010年上半年，在国家质检总局和海南省委省政府的正确领导下，海南出入境检验检疫局坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观为统领，以支持海南国际旅游岛建设为重点，以“质量提升”活动和“两大”（大质量工作机制和大质检文化建设）为抓手，全面强化监管服务，努力提高检验检疫工作水平，为促进海南经济健康平稳较快发展做出了新的贡献。1-6月共完成出入境货物检验检疫7252批、货值31.94亿美元，同比分别增长5.95%和37.93%；完成出入境交通工具检疫5230艘/架次，同比增长25.66%。完成出入境集装箱检疫3.62万箱次，同比增长78.07%。完成出入境人员检疫查验42.76万人次，同比增长21.49%。完成出入境人员传染病监测1395人次，同比减少11.43%。完成出入境人员预防接种1572人次，同比下降35.76%。签发各类检验检疫证单2.96万份,同比增长21.62%，签发产地证书4031份，货值2.28亿美元，同比分别增长57.77%和70.14%，其中关税优惠性产地证1770份，货值9216.64万美元，帮助本地出口产品降低进口国关税450多万美元。

一、贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作。

二、负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理工作。

三、负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，办理国家出入境检验检疫局授权的动植物检疫审批，实施动植物疫情的紧急预防措施。

四、负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。

五、负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认　证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。

六、负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。

七、负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。

八、负责执行国家、国务院有关部门和国家质量监督检验检疫总局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。

九、负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

十、负责所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关关信息。

十一、负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。

十二、负责出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。

十三、负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物质管理、纪检监察、审计、精神文明建设与思想政治工作。

十四、承办国家质量监督检验检疫总局交办的其他工作。

办公室

人事处

财务处

科技处

认证监管处

通关处

法制处

卫生检疫处

动物检验检疫处

植物检验检疫处

食品检验监督处

化矿检验处

机电检验处

轻纺检验处

鉴定管理处

机关党委办公室（政工处）

监察审计室

离退休干部处

三亚出入境检验检疫局

八所出入境检验检疫局

清澜出入境检验检疫局

海口美兰机场办事处

海口港办事处

海口保税区办事处

洋浦保税港区办事处

洋浦出入境检验检疫局

马村港办事处

2017年11月，海南出入境检验检疫局获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。