抗战全面爆发后，为适应国内军事形势的需要，于1938年2月在原
行政院海军部的基础上设置，直隶于
军事委员会。1938年12月随军事委员会迁
重庆办公。内设
总司令1人，由
陈绍宽担任，职责是承军事委员会
委员长之命，综理海军一切事务，指挥海军作战并监督所属各机关;另置
参谋长1人，秘书4人，副官3人，分承总司令之命，办理有关辅助军务，撰拟机要文件及传达、交际等事务。下设参谋处、军衡处、舰械处、军需处，分别掌理有关军务、训练、铨叙、恤赏、轮电、兵器、会计、储备等事宜。抗战胜利后，于1945年12月改组为
国民政府海军署，1946年5月迁回
南京办公。