海军大臣掌主海军，稽覈水师及司令部，以固海疆。副大臣贰之。参谋掌参订改革。参事掌法律章制。秘书掌机密文移。军制掌规制铨法，旌别水师人员，功过、封荫、赏恤并典领之。军政掌营造船舰，检校器械，兼司军港工程。军学掌学校教育，舰队训练。军枢掌文牍典章，汇纪员司集课文簿。军储掌经营费用，稽覈粮廪服装与其物用。军法、军医、主计职掌视陆军部。

海军部海军大臣，正都统。副大臣，副都统。各一人。一等参谋官二人，二等四人。海军学生充。参事官二人。秘书官六人。资格相当军官，文官充。司电员，艺师，艺士，酌用海军官佐或文官学生。录事，酌用文官学生及额外军官、军佐。无恒额。军制、军政、军学、军枢、军储、军法、军医七司，各司长一人。协都统、正参领充。科长二十有一人，军制科五：曰制度，曰考覈，曰铨衡，曰驾驶，曰轮机。军政科三：曰制造，曰建筑，曰器械。军学科五：曰教育，曰训练，曰谋略，曰侦测，曰编译。军枢科三：曰奏咨，曰典章，曰承发。军储科三：曰收支，曰储备，曰庶务。军医科二：曰医务，曰卫生。科各一人。正、副参领充。下同。一、二、三等科员六十人。军制、军学各十有四人。军枢、军储各十人。军政八人。军医四人。充任视陆军部。一等司法官二人，二、三等司法官，学习司法官八人。学律军官充。主计处计长一人。正参领充。科长二人。会计、统计科各一人。各司处录事四十有八人。

光绪十一年（1855年），诏设海军衙门，依军机总署例，命醇亲奕譞综之，大学士李鸿章专司筹办。十三年，北洋海军成，置提督、总兵等官。甲午师熸。至三十三年，始议恢复，设海军处，暂隶陆军部。置正使，视协都统。副使，视正参领。各一人。承发官二人，录事四人。设机要、船政、运筹三司，置司长、副官各一人。科长七人，机要科四：曰制度，曰筹械，曰驾驭，曰轮机。运筹科三：曰谋略，曰教务，曰测海。科各一人。船政不分科。承发官三人，司各一人。一、二、三等科员十有八人。机要十二人，运筹六人。考工官五人，船政司置。艺师三人，船政一人，运筹二人。艺士四人。船政运筹各二人。股长、股员，视事闲剧酌置。录事十有八人。明年，改设海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司。寻设主计处，置计长、副长各一人。宣统元年，命肃亲王善耆等筹备海军，设参赞厅，分秘书、庶务两司，置一、二、三等参谋官，并设第一、第二、第三、第四四司，置司长以下各职。其夏，更命贝勒载涛等充筹办海军大臣，增设医务司。二年，订海军暂行官制，改第一司曰军制，第二司曰军政，第三司曰军学，第四曰军防，医务司曰军医，秘书司曰军枢，庶务司曰军储；别设军法一司，是为八司。省参赞厅各职。寻改处为部，省军防司，置大臣、副大臣各一人。