中国人民解放军从事海军军事医学研究的专业科研机构。隶属中国人民解放军海军后勤部。
1954年12月，海军卫生勤务研究所成立，设立航海生理、舰艇卫生、海军营养、海军流行病4个业务组。1959年4月，改称海军第六研究所。1963年9月，军事医学科学院劳动生理研究所潜水生理研究室划归海军第六研究所。1964年6月，改称海军医学研究所。1988年8月，中华医学会航海医学专科分会成立并挂靠该所。1993～2006年，学科建设发展较快，水下生理实验室、高气压与潜水生理学实验室、舰艇特殊环境生物效应及医学防护实验室相继成为军队医学重点实验室。经过50多年的建设，研究所具备了较完整的医、工结合的科研体系，在潜水医学研究方面，具有较强的自主创新能力，拥有潜艇艇员脱险舱、500米饱和潜水系统、舰艇舱室环境模拟舱群等大型科研实验和训练平台，代表了中国在这一领域的最高水平。“潜水医学及其在军事上的应用”研究获得国家科学技术进步一等奖。编辑出版有《
海军医学杂志》和《
中华航海医学与高气压医学杂志》。
海军医学研究所编设有科技计划处、政治部、管理处，下设潜水医学、防护医学、舰艇卫生、卫生勤务、流行病学、航空医学、特种被装食品7个研究室，新技术研究及推广应用、医学科技信息、舰艇军医培训和援潜救生医学与装备技术训练4个中心，以及科研试制工厂。
海军医学研究所重点研究海上作业活动、饱和潜水的人体医学、作业工效、防护装备等。具体包括：①核潜艇放射防护及核医学技术应用研究。②常规潜水和饱和潜水卫勤保障研究。③舰艇环境因素对舰员的影响及防护措施研究。④海军卫勤学术和海军卫生装备研究。⑤海军舰艇部队疾病流行规律及疾病防治对策研究。⑥海军航空生理卫生研究。⑦海军舰艇部队和特殊作业人员营养代谢、食品、给水卫生和特种被装等研究。⑧海军军事医学信息研究等。