浙江省环境污染控制技术重点研究实验室于2000年申报立项，2003年通过验收，2003年、2006年两次通过评估。

近年来，实验室承担了《城镇污水处理新技术与装备国产化、成套化研究及示范》等一批省重大、重点科研攻关项目，以及《强化脱氮的改进生物滤池研究》等一批重点、面上科研项目。近年来，重点实验室充分发专家作用，特聘了刘鸿亮、蔡道基、金鉴明三位院士。不断完善科研队伍，充分吸收人才，在污染控制的不同研究领域与研究方向已具有一定的科研水平，能够解决一些重大环境问题中的关键、共性技术。 根据原国家环保总局环函〔2002〕47号文，我院承担了国家环境保护水污染技术(浙江)中心的建设任务。“十一五”期间，技术中心积极落实“十一五”能力建设专项规划，主要在污水高负荷处理技术与成套化装备、脱氮除磷技术、难降解有机废水处理技术、污泥处理技术等方面展开了重点研究，并为全省环境管理提供了必要的技术支持。2008年，技术中心顺利通过了环境保护部组织的专家评审。