浙江大学微生物研究所依托微生物学二级学科（浙江省重点学科），现有教授5人，副教授或副研究员8人；国家杰出青年基金1人，国家级教学名师1人。

研究所主要科研项目来源包括国家“973”计划、国家“863”计划、国家基金重点项目、面上基金项目及其它省部级重大重点项目以及企业合作项目，年均科研经费700余万元、近三年年均发表SCI论文约25篇，其中在Environ. Microbiol., The ISME J., J. Bacteriol., Appl. Environ. Microbiol. 等微生物领域著名刊物发表10多篇。