浙江大学基础医学院的历史来源最早可追溯到1912年创办的
浙江医学专门学校和1945年创设的国立浙江大学医学院。1998年，随着原
浙江医科大学与浙江大学等四校合并成立了新的浙江大学，次年重组确立了
浙江大学医学院基础医学系。2009年，基础医学系（部）升格为浙江大学中层机构建制,并正式更名为浙江大学基础医学院。目前, 该院有中国科学院院士1人，享受国务院特殊津贴7人，“百千万人才工程”国家级人选1人，教育部新（跨）世纪优秀人才培养计划入选者5人，浙江省有突出贡献中青年专家2人，省级教学名师1人，正副教授82人。
在
浙江大学医学部的直接领导下，该院重视基础学科和学科基础，重视与临床结合的转化医学研究，汇集人才和资源，探索建立了科研体系和教学体系合二为一的“学科系”，其核心特点是实现了教授高度责任和治理的PI制。目前，该院共有8个学科系和1个实验教学中心。拥有基础医学、药学及生物学3个一级学科博士点及基础医学
博士后流动站1个。博士点涵盖人体解剖与组织胚胎、免疫学、病理学与病理生理学、病原生物学、法医学、生理学、神经生物学、细胞生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、药理学等11个二级学科。病理学与病理生理学是国家级重点培育学科，病理学与病理生理学、生理学、药理学和免疫学是省重点学科。
学院以学科建设为基础，重视科研发展与人才培养。被列为教育部“985”二期建设项目，设有免疫学、细胞生物学、病理学与法医学、
神经科学等4个校级研究所；医学神经生物学是
卫生部重点实验室，呼吸药物研究实验室是国家食品药品监督管理局重点实验室，疾病蛋白质组学是省重点实验室。在学校和学部的关心和支持下，基础医学院的科研条件和仪器设备已经达到世界一流水平，教学科研占地3万多平方米，科研仪器设备达2亿元以上。
当前，基础医学院科研人员紧密跟踪国际医学研究前沿，在生物医学领域开展系列基础和转化研究，尤其在肿瘤、
代谢综合征、神经科学与精神疾病、医学分子生物学、干细胞和再生医学、遗传与基因组学等领域凝聚团队，并将逐渐形成具有国际先进水平的基础医学学科群。“十五”以来，基础医学院承担和参与了国家级及省部重大重点科研课题100余项，包括国家973项目、国家科技攻关重点项目、“十一 五”国家科技支撑计划项目、国家杰出青年基金项目、
国家自然科学基金重大研究计划重点项目等，获得了国家自然科学基金项目 90余项，国际合作课题 2 项，省部级重点重大项目20余项；发表SCI论文483篇，其中在国际著名学术期刊发表的有Nature Med, Blood, PNAS等。
作为浙江大学医学和药学前期教学的主体，基础医学院建有15个课程组, 承担了基础医学、临床医学、口腔医学、预防医学、卫生事业管理、药学和护理等不同专业不同培养层次的医学专业基础课程教学和人才培养任务。《生理学》、《病理学》、《生理科学实验》是国家精品课程；《生理学》是国家网络精品课程。《生理学》、《病理学》、《生理科学实验》、《基础医学整合课程》、《组织胚胎学》是省精品课程；基础医学实验教学中心是省级实验教学示范中心。
1996年基础医学院获教育部批准成为医学类五个基础医学试办基地之一。经过一年多的筹备，于1998年开始招收第一届基础医学专业“基地班”学生，目标是为国家培养优秀的基础医学研究人才和输送高质量的研究生生源。理科基地强调“厚基础、宽口径”的培养原则，高度重视学生综合素质和创新能力的培养。2005年该院正式获批为“国家基础科学研究和教学人才培养基地”，目前共有在校学生346人（其中研究生323名）。培养的学生曾获得全国“优博” 论文1篇；获全国“优博”论文提名2篇。该院同时还承担浙江省
医学类专业自学考试、成人高等教育及国家健康管理师的职业培训。