济宁市航运管理局组建于1953年5月，前身是济宁专署交通局航运办事处，1960年，改为“山东省济宁专员公署航运局”。上级业务主管部门为山东省交通厅港航局，是济宁市政府主管航运建设、管理、经营的行政机构，内设办公室、人事科、计财科、科技教育科、水运安全科、航运法规科、监察室、离退休干部科8个科室，下辖山东省济宁市地方海事局、济宁市航道管理处等20个事业单位、10个直属航运企业。

上级业务主管部门为山东省交通厅港航局，是济宁市政府主管航运建设、管理、经营的行政机构。

主要职责是：制定全市港航事业发展战略，编制全市水路运输发展规划，监督管理全市水路运输市场和基础设施建设市场，规范市场行为，负责全市水路运输的船舶检验、船员培训及全市港口、航道布局规划，组织港航基础设施的建设、养护和管理，负责全市水上交通安全的监督管理和全市航运规费的征收、管理。

内设办公室、人事科、计财科、科技教育科、水运安全科、航运法规科、监察室、离退休干部科8个科室，下辖山东省济宁市地方海事局、济宁市航道管理处等20个事业单位、10个直属航运企业。

改革开放以来，微山湖航运事业得到了快速发展。拥有各类船舶11000余艘，300万载重吨，千吨级船舶可以从济宁直达杭州。年完成水路运输货运量1000多万吨，货物周转量50多亿吨公里；港口码头11处、89个作业区，年设计吞吐能力5200多万吨；航道通航里程1100公里，其中京杭运河三级主航道130公里；船闸3座，其中二级船闸2座；航运从业人员10万多人，已形成集船舶运输、港口装卸、物资营销、船舶制造与检验、海事、水路交通稽查和航政、运政管理于一体的综合航运体系，年航运社会总收入达20多亿元，年上交国家规费和税收1.5亿元，航运业已成为济宁经济发展的重要产业之一。2010年改为济宁港航局。