医生刘文（
梁朝伟饰）表面是个玩世不恭的人，但实际上他是个非常细腻且洞悉世情的人。他厌恶不公的医疗制度，决定到红灯区经营诊所。醉心医学的他医术高强，面对贫苦大众好施医德。在他的病人当中有英勇的警员（
刘青云饰）、风月女子等等。他除了医治病人身体上的伤痛，还乐于倾听这群草根的心声，成为了他们的好友。但他却被昔日的好友陷害，刘文面临被吊销医生执照的危机。
影片改编自日本漫画《
流氓侠医》，原著讲述一个前途似锦的大学医院副教授为了身患癌症的同窗好友，放弃了自己的地位，也放弃了自己心仪已久的对象，在鱼龙混杂的新宿歌舞伎町地区开了一间小诊所。在这个充满花花色彩的红灯区里，他凭着对生命的热情以及精湛的医术得到了所有居民的信任。而改编后的香港电影叫《流氓医生》是因为，主角刘文的名字，在粤语中的发音与“流氓”相同。
《流氓医生》是一部将日本漫画的背景完全本土化的香港影片。与其说这部电影改编自漫画，不如说只是它的初衷源于原著漫画的主题内容。与原著人物无关，与日本的“鱼龙混杂的新宿歌舞伎町地区”同样无关。按照导演李志毅的说法，他只是将武侠小说中两大高手一进一退比拼的桥段公式套入了这部影片之中。而主演梁朝伟将“流氓医生”这个角色诠释得比漫画原著还要传神精彩，他在影片中或叼着香烟、弹着吉它，或戴着墨镜、弹着钢琴，主角的放荡不羁被他演绎得淋漓尽致，同时观众又能从他的眼神里看到那份洞悉人间世事的豁达。（华雪评）
导演李志毅的故事展开得从容不迫，慢慢地把故事铺开。梁朝伟医生的沉着，在最草根的社会底层求得内心的平和；富家女梁咏琪的跨阶级的好奇，实习生许志安的憨厚及彷徨，吴耀汉教授的超常规的研究，都说明了人间有情，最是简单才显现出个人的品格；牧师罗家英和陈小春癌症患者演唱会似的搞宗教仪式，反而顺应潮流。片中流氓医生不仅有赤子之心，他还有一份如戏深情在。（新浪娱乐评）