洞穴（Cave/Cavern）是一种在主世界地下十分常见的地形特征。下界中也具有一些简单的洞穴。

洞穴是在地下随机生成的一系列空气方块区域，会暴露出周围的石头和其他随着地形生成的方块（比如团簇和矿脉）。在丛林中的洞穴入口附近会生成藤蔓。沙漠和沙滩中的浅层洞穴经常会被坍塌的沙子掩埋。

洞穴可以生成在Y=256以下的区域中，包括水下。有些洞穴会很深，甚至从地面一直延伸到基岩层。洞穴中包含许多四通八达的隧道，一些隧道还会通向地面，形成洞穴的天然入口。洞穴经常与其他结构相连，比如地牢、废弃矿井和要塞。洞穴中的亮度很低，因此敌对生物和蝙蝠通常在洞穴深处生成。

洞穴有两种类型：雕刻器洞穴（Carver）和噪声洞穴（Noise Cave）。

小型洞穴（Small Cave）呈细长的条形，主要分布在接近海平面的高度，因此大多数情况下具有露天的洞口。由于尺寸很小，这些洞穴几乎不与其他洞穴相通，通常也只会出现煤矿石、铁矿石与铜矿石。

中型洞穴（Medium Cave）的空间比小型洞穴更加宽大，拥有丰富的基础矿石和少量较为稀有的矿石。这里也会可能出现小型涌泉。

大型洞穴（Large Cave）呈巨大而不规则的球形。生成在接近基岩层高度的大型洞穴会包含几乎所有种类的矿石，也会出现许多涌泉和含水层。

环状内庭（Circular Voids）是一种1-27格高、直径为13-30格的圆形空间，与其他洞穴比起来显得异常规整、不自然。它们常与其他洞穴体系相连。大型环状内庭暴露的岩石面积抵得上一条大型峡谷。环状内庭中有极低的概率会出现地牢。

深坑（Deep Pit）有着巨大的洞口，会从洞口螺旋向下延伸，暴露出一些煤矿石和铁矿石。深坑在罕见情况下会几乎垂直地向下延伸，并暴露出更珍贵的矿石。

连环洞穴（Connected Cavern）是由多个洞穴互相交错合并，组成的更加宽敞散乱的洞穴。连环洞穴的尺寸与大型洞穴相近，但连环洞穴还有迥异的“地面层”，即在一个连环洞穴通常有2-4个高低不一的岩层。连环洞穴中也通常有许多从高处流下的涌泉。

海底洞穴（Sea-access Cave）的洞口连接到海床，入口处通常遍布着海草和海带。非水下洞穴的生成一般都刻意避开水源，因此真正的海底洞穴非常罕见，大多数的海底洞穴都是由于海床沙子和沙砾的塌陷产生的。

水下洞穴（Underwater Cave）是完全被水填满的洞穴。熔岩湖会在世界生成期间直接转变成黑曜石或水下岩浆块，水下的岩浆块还会产生涡流气泡柱。由于水下洞穴的空间通常完全封闭，这里只会出现海草而没有海带。

噪声洞穴是一种由噪声生成器产生的洞穴，分为芝士洞穴（Cheese Cave）、意面洞穴（Spaghetti Cave）和面条洞穴（Noodle Cave）。

芝士洞穴是大小不一的气泡状洞穴；意面洞穴是长而蜿蜒的洞穴；面条洞穴是意面洞穴更狭窄、弯曲而密闭的变种。芝士洞穴提供较大的开放空间，而意面和面条洞穴提供这些空间的通道。三种洞穴综合在一起，形成完整的噪声洞穴体系。

生成噪声洞穴时，游戏会产生一个随机的噪声图像，然后通过柏林噪声算法将其模糊化，得到立体的噪声图像。噪声洞穴内还会穿插同样由噪声生成器产生的“噪声柱”。通过调整噪声频率、空心度（针对芝士洞穴）和粗细度（针对意面洞穴、面条洞穴和噪声柱），噪声洞穴可以变得多种多样。

含水层（Aquifer）是拥有独立的大小、水位高度的洞穴水体，用于生成主世界中的湖。不同高度的含水层边缘相接处会被石头或深板岩围起。含水层底部会生成水下岩浆块，产生涡流气泡柱。发光鱿鱼能在此生成，鱼和溺尸也能生成在位于海洋或河流生物群系地下的含水层中，溺尸还能生成在溶洞生物群系的含水层中。在Y=0以下的含水层中的水有概率被熔岩完全替代，在Y=-54以下的含水层中的水完全被熔岩替代。

峡谷（Canyon或Ravine）是一种长且深的地面裂缝。其长度约为85-127格，宽度通常不多于15格。峡谷的深度约为27-62格。

延伸至Y=40以下的峡谷内有可能生成史莱姆（若位于史莱姆区块）。较深的峡谷有着非常陡峭的崖壁，因此经常会有涌泉顺流到底部与熔岩湖接触，导致峡谷底部产生黑曜石。许多矿石团簇也会暴露在峡谷的崖壁，对采矿意义重大。

峡谷有时也会临近河流和海洋，使得水体在峡谷处形成瀑布。水下峡谷的底部会出现黑曜石和岩浆块，产生涡流气泡柱。

峡谷可能会与洞穴、地牢、废弃矿井和其他一些自然生成的结构相连。