洞庭湖湿地生态环境已遭到严重破坏，湖泊萎缩，调蓄功能下降，灾害频率上升，生物多样性减少，制约了经济和社会的可持续发展。因此，必须对洞庭湖进行综合治理，制定相应对策，遏制湿地生态环境的破坏，促进自然生态系统的良性循环，推动湖区经济和社会的健康、持续发展。
健全洞庭湖湿地资源可持续利用的管理体系 “湿地”概念引入我国的时间不长，湿地保护工作也多在20世纪90年代才开展，在湿地未实施保护以前，洞庭湖湿地实行的是多头管理，在行政区划上涉及2个省的十多个县市和4个保护区。这种多头管理的模式对洞庭湖湿地的保护管理是十分不利的，造成管理上的许多问题不能及时得到解决。因此，要实现洞庭湖湿地资源可持续利用就必须建立一个统一的管理机构，统一协调保护区各地(市)、县和各部门的行动，实现区域生态保护工作的有序和有为。应将洞庭湖湿地作为一个整体，确定系统的界线，采用生态系统管理的途径来实现可持续性经营，要明确地把人类对湿地生态系统的生物学能力的需求与满足实际需求密切联系起来，既要注重小区域的生态系统过程，又要在较大的时空尺度上考虑问题和开展工作，从长远的角度保持生态系统的生产潜力。
建立洞庭湖湿地资源可持续利用的最佳模式 必需用生态学的观点来研究开发利用洞庭湖湿地资源，做到既要充分利用资源的潜在价值，又要积极保护好资源，以维护洞庭湖湿地区域生态平衡。第一，应建立综合开发利用机构，组织研究有关开发利用的技术问题，协调开发工作。湿地资源的开发要在保护湿地生态环境的前提下，做到综合开发利用。第二，控制污染，改善湿地环境。洞庭湖湿地在局部地区的严重污染，威胁了局部地区的生物多样性，影响了湿地资源的可持续利用。因此，应进行以洞庭湖流域为单元的综合治理，从源头防止全流域的污染物汇人湿地区域。第三，通过开展科学研究、生态旅游等多种途径实现资源的可持续利用。洞庭湖湿地区域有许多自然资源和旅游资源，通过科学研究、生态旅游既宣传普及了湿地生态知识，又很好的实现了资源的持续利用。第四，调整农业产业结构，大力发展生态农业。开发和推广绿色无公害食品生产，加强畜禽粪便的综合利用与治理，提倡规模化、集约化畜禽养殖方式，大量减少农药的使用量。第五，加强对外来物种的监控，防范和减轻外来物种入侵的危害，尽量减少和避免因外来物种入侵对生态环境、人体健康和社会经济造成的重大损失。
规范洞庭湖湿地资源可持续利用的法律体系 全面实施有关湿地保护的各项法规，将湿地管理建立在法制化、规范化和制度化的轨道上。加强法制宣传教育，普及湿地知识和法律知识，增强全民对湿地资源保护与合理利用意识，确保湿地保护法规的顺利实施。建立以政府为主、部门为辅的执法机构和执法队伍，强化执法职能，加大执法力度，保护洞庭湖湿地资源。贯彻落实国家《野生动物保护法》《
湖南省野生动植物资源保护条例》和《
湖南省湿地保护条例》等法律法规。以法规作为湿地保护、利用的行为准则，进一步强化湿地保护的法律监督和管理。
树立正确的资源利用意识 湿地也是一种自然资源，是人类赖以生存的创造财富的物质基础。那种认为湿地是没有价值的，以“搞活经济为名”盲目破坏湿地环境的做法是错误的。在湿地资源利用上要处理好“眼前利益”和“长远利用”、“利用价值”与“非利用价值”、“现期价值”与“存在价值”的关系，要看到湿地给人类留下的“潜在价值”作用和
物种灭绝给人类带来的经济与生态恶果，树立正确的资源利用意识。