波旁-两西西里王朝是西班牙波旁王朝（来源于法国）的一支意大利支系。王朝名称来源于波旁王朝和所统治的两西西里王国（由那不勒斯王国和西西里王国合并组成）， 1759年西班牙国王卡洛斯三世把意大利的那不勒斯王位和西西里王位传给他的第三个儿子后来的两西西里国王费尔南多一世，由此开创了波旁-两西西里王朝的统治。1861年撒丁王国国王维克托·伊曼纽尔二世在加里波第的陪同下进入那不勒斯，不久正式加冕为意大利国王，意大利统一宣告统一，波旁-两西西里王朝在南意大利的统治宣告结束，家族一直延续任家族领袖存在争议，卡斯特罗公爵卡洛（意大利系）和卡拉布利亚公爵佩德罗（西班牙系）。

两西西里王国是意大利统一之前最大的国家，占据整个意大利南部，由历史上的那不勒斯王国和西西里王国组成。1815两西西里王国正式成立，首任国王是西班牙国王卡洛斯三世的儿子费尔南多一世。波兰王位继承战争之前两西西里的土地被奥地利哈布斯堡家族据有，1738年维也纳会议之后，两西西里土地划给西班牙，并由西班牙的一个王子继承，他就是又来的西班牙国王卡洛斯三世，那不勒斯国王和西西里国王也成为他众多头衔中的一个，卡洛斯三世长子去世后，1759年他把两西西里给自己的一个儿子费尔南多一世，他则接替兄长继承了西班牙王位并在死后把西班牙的土地留给二子卡洛斯四世。

1759年费尔南多一世加冕为那不勒斯国王和西西里国王，他的父亲在同年接替兄长继承了西班牙王位，由于他同时获得了西班牙国王、那不勒斯国王和西西里国王三个王国，于是他在长子死后让二子成为西班牙王位继承人，把那不勒斯王国和西西里王国给予他的三子费尔南多一世，费尔南多一世也成为波旁-两西西里王朝的创立者。1806年在拿破仑战争期间，那不勒斯王国被拿破仑占领，费尔南多一世屈居西西里岛，拿破仑让自己的哥哥约瑟夫·波拿巴成为那不勒斯国王，1808年约瑟夫·波拿巴被扶上西班牙王位，拿破仑让自己的妹夫，若阿尚·缪拉成为那不勒斯国王直到1815年拿破仑兵败。1816年，重回那不勒斯的费尔南多一世合并两个王国，建立了两西西里王国，1825费尔南多一世逝世。

1859年弗朗切斯科二世从父亲手中继承王位。1860年，意大利民族革命领袖加里波第率撒丁王国军队登陆西西里马沙拉，并轻易地征服了全岛。消息传来，那不勒斯政府解散，意大利革命另一位领袖加富尔从皮埃蒙特调来的军队则陈兵边境，两西西里海军和陆军军心急速动摇。当加里波第率军渡过墨西拿海峡，一路上的民众均把加里波第当成解放者欢迎，经过长时间的犹豫和加里波第的呼吁，1860年12月6日，弗朗切斯科离开了那不勒斯，次日加里波第军队进入那不勒斯，受到狂热的欢迎。但弗朗索瓦依然在外地联合保皇党人进行抵抗，至1861年2月12日，保皇党最后的堡垒被攻克，弗朗切斯科被迫终生流亡。至此两西西里归入意大利王国版图，意大利完成了除了教皇国（罗马在1870年收复）以外整个意大利的统一。意大利民族国家终于诞生了。

两西西里灭亡后波旁-两西西里王朝成员被迫流亡他乡，1894弗朗切斯科二世把家族领袖的位置给了他的儿子阿方索，1934去世，家族领袖是他的儿子费尔南多。1960年，费尔南多去世后，波旁-两西西里王朝领袖出现争议，除了费尔南多的直系后代，西班牙波旁王朝的一支也有此宣称。

费尔南多的直系：卡斯特罗公爵卡洛

西班牙系：卡拉布利亚公爵佩德罗