波乃耶出生于麻塞诸塞州的West Boylston，先后在腓立普斯学院（Phillips Academy）和耶鲁大学学习两年，之后迁到南卡罗莱纳州，在那里作家教。

后来进入纽约协和学院（Union College），于1826年毕业。第二年他与Lucy Mills结婚，然后在耶鲁和安多弗（Andover）神学院攻读神学。1831年，波乃耶被按立为牧师。1833年加入美部会，在佛罗里达的黑人中间开展工作。1835年，他在南卡罗莱纳州的查尔斯顿成功地创办了一所学校。而且他还学习了医学，并于1837年取得医学博士。由于金融风暴，他的航程延期，就开始学习中文。

1838年，波乃耶到达新加坡，开始了毕生的教导、传教、出版中文著作、分发小册子和医疗等工作，但传福音一直是他最注重的事。1841年，由于妻子的健康原因波乃耶迁往澳门；1844年迁到香港，妻子在那里去世。波乃耶后来又到广东，1846年与来自苏格兰的传教士Isabella Robertson结婚。波乃耶掌管一所男校，主持出版书籍、小册子和一份颇受欢迎的年鉴，同时他又花费大量精力从事医疗工作和编写小册子。在1854年至1857年休假之后，他的健康状况日下。最后几年，波乃耶大部分时间是在广州他那街边小教堂里散发书册，最后在那里去世。