泉州第三中学的前身——泉州平民中学始建于1930年，因巴金等名家多次来校讲学，在30年代被誉为“不同凡响”的学校；1936年改办为晋江私立民生初级农业职业学校，简称“民生农校”；1952年改为公办，定名泉州第三中学；1978年，被确定为地区重点中学，并被授予“省教育红旗先进单位”。

2009年，正值泉州三中校庆八十周年。

2007年，泉州三中的历史翻开了崭新的一页！

2007年4月30日，为深入贯彻国家教育部和省教育厅关于“义务教育均衡发展”相关文件的精神，泉州市教育局按照市委、市政府的决策，决定采取泉州三中与泉州五中“深度融合、捆绑发展”等措施，大力提高市区公办初中校的办学规模和教学水平。市政府及教育主管部门将加大对泉州三中的政策扶持和资金投入，把泉州三中办成市区规模最大的优质公办初中校。

2007年8月1日，泉州市教育局宣布泉州三中领导班子调整的决定：沈墨彻任泉州三中校长、许谋炳任副校长。沈墨彻、许谋炳曾长期在泉州五中从事教育教学管理工作，两位同志的赴任标志着泉州三中与泉州五中“深度融合、捆绑发展”迈出实质性步伐。

2018年2月25日，经泉州市政府第27次常务会议研究，决定泉州三中整体并入泉州五中。3月3日上午，泉州市教育局举行泉州三中整体并入泉州五中宣布大会暨挂牌仪式。泉州三中整体并入泉州五中，有利于更好发挥名校优质教育的示范辐射带动作用，进一步提升中心市区初中教育教学质量，促进中心市区优质教育均衡发展。