河海大学校徽为梅花形图案。校徽中间的“河海”篆字和白底蓝字的整体色系是继承1915年学校创建时期河海工程专门学校的校徽图样和色系,选取河海蓝为标准色,体现了河海大学具有大江大海的宽广胸怀和磅礴气势,代表了河海大学缘水而生、因水而为、顺水而长的水利专业办学特色。
河海大学校徽篆字图样的上方是1985年恢复传统校名时邓小平同志题写的校名标准字,图样下方是学校的建校年份“1915”和英文名称,凸显了学校悠久的办学历史。校徽外圈是继承1924年河海工科大学时期校徽外圈的梅花瓣形图样,象征河海大学傲雪凌霜、坚韧不拔的崇高品质,梅花是南京市市花,喻示了学校所在地,同时梅花瓣形图样与水波浪图样暗合,也喻示了学校的办学特色。整个图形直观、朴素,又不失庄重、典雅,既蕴含了学校的历史渊源,又彰显了学校的办学特色。