河南省医学科学院是
河南省人民政府举办的医、教、研、产、资“五位一体”的全省综合性医学科研新型研发机构，全省医学科学创新核心基地和公共平台，属省政府直属公益二类事业单位。原河南省医学科学院成立于1959年，其前身为中国医学科学院河南分院。2023年7月15日，重建河南省医学科学院揭牌。
原河南省医学科学院于1959年建立，其前身为中国医学科学院河南分院。1962年,原中国医学科学院河南分院撤销后成立河南省医学科学研究所，附设在原河南医学院。2005年，被河南省机构编制委员会确定为非营利性公益一类科研单位，为
郑州大学直属事业单位，2007年更名为
河南省医药科学研究院。
2022年8月26日，
河南省人民政府办公厅发布《关于加快医学科技创新全面提升卫生健康服务能力的实施意见》，明确提出，重建省医学科学院。重新组建融医疗、科研、教学为一体的省医学科学院，建立临床医学学科联盟，统筹全省医学领域科技创新资源，构建完整的医学科技创新体系，提升医学科技研发、人才培养、成果转化和服务社会能力。
2023年6月9日，河南省委书记楼阳生到航空港区调研，并主持召开座谈会，研究推进省医学科学院规划建设工作。6月16日，省委常委会会议正式作出决策，按照新型研发机构的定位，重建省医学科学院，建设中原医学科学城，打造“一院一城一产业集群”融合发展的创新格局。7月15日，省委书记楼阳生为重建的河南省医学科学院揭牌。
2024年8月3日，《
河南省医学科学院发展促进条例》经省十四届人大常委会第十次会议表决通过，于2024年10月1日起施行。