明万历二十三年（1595年）中进士后，以母病乞归，直至送终。服满补安徽凤阳府教授，转南京国子监学正。迁刑部主事，升郎中，处理滞案，昭雪冤案。经吏部郎中
张凤翔推荐，出任山东东昌（今聊城）知府。到任后即将张凤翔横行乡里的叔父治罪，他认为这是对张凤翔的最好报答。他破除用属县税银的节余去贿赂上司的习俗，将它纳入地方金库。为了使上下办事减少差错，他每月与府中的少傅朱廷禧碰头，了解情况，兴利除弊。民事诉讼到堂，他都用礼义加以开导，让双方回去自省，不加刑罚。在万历四十三年考绩中，沈珫名列第一，擢山东按察副使，负责兖东道。时兖州旱蝗大灾，又有刘好问、孙可训作乱，僚属均借故不做事。他先将家室安放在南方，开仓赈济，擒杀罪魁，捐俸设常平仓，招抚逃荒的百姓回来耕作，使人口没有太大的减少。在任上，他出行不用仪仗，只乘简陋的轿子，在驿站用餐自己付账。当官20余年，两袖清风，结果连自己的子女都养不起，只好寄养在别人家。