（一）贯彻执行国家有关自然保护的法律、法规和方针、政策；（二）制定马头山国家级自然区各项管理制度，并实施统一管理；（三）调查保护区自然资源并建立档案，组织环境监测，保护自然环境和自然资源；（四） 组织和协助有关部门开展科研工作；（五） 开展保护区的自然保护宣传教育；（六）在不影响保护区自然环境和自然资源的前提下，组织参观、旅游等活动。
2024 年江西马头山国家级自然保护区管理局内设机构数量 8 个，包括：
办公室、资源保护科、科研管理科和社区事务科 4 个职能科室，下设昌坪、双港口、东源、郑家 4 个保护管理站。编制人数小计 55 人,其中：全部补助事业编制人数 55 人。实有人数小计 46 人,其中：在职人数小计 44 人,退休人数小计 2 人。