江苏省淡水水产研究所位于南京市，其前身为江苏省水产科学研究所，始建于1957年。隶属于
江苏省海洋与渔业局，总占地面积约260亩（所本部120亩，禄口基地140亩），是全省综合性渔业研究中心。
全所在职职工110人，其中高级职称26人，中级25人；博士5人，硕士27人。全所共有享受政府特殊津贴的专家9名，国家级有突出贡献的中青年专家1名，省级有突出贡献的中青年专家5名，省“333”人才培养对象8名，省“六大高峰人才”5名，农业部水产技术推广先进个人1名，省优秀科技工作者5名，省农业科技先进工作者3名
该所拥有离子色谱、
气相色谱仪、
原子吸收分光光度计等先进的仪器设备近80套。保存的标本达246种，包括了国家一级保护动物中华鲟、白鳍豚、白鲟以及大鲵、胭脂鱼、鲥鱼等名贵鱼类在内的江苏省境内几乎所有的淡水鱼类，图书馆馆藏中外文图书近3万册，中外文科技期刊100余种，科技文献资料约6000份，是省内最齐全的水产信息资料中心
所内设有水产种质、育种、养殖、渔业资源环境、水产病害防治、加工渔机与饲料、渔业信息技术等7个专业研究室及江苏斑点叉尾鮰遗传育种中心、省淡水水产引育种中心、省渔业湿地生态监测分中心、省水产质量检测中心、省野生水生动物移殖驯化及苗种繁育工程技术中心、省水产种质资源信息数据库等业务机构；农业部渔业产品质量监督检验测试中心（南京）、
江苏省水产学会、江苏省珍珠协会、《水产养殖》编辑部亦设在所内
主要开展水产种质资源保护与良种选育、渔业水域生态环境保护与可持续利用、水产疫病灾变规律与预控、水产品质量与安全等研究，以及名优新水产品种的规模化繁育与良种示范推广、渔业公共技术协同攻关咨询与科技中介服务等。承担省部级以上公益性科研计划项目47项，其中，国家科技支撑计划项目2项，农业部行业公益专项1项，农业部跨越计划项目1项，省科技厅项目11项。
1978年以来，全所共获得各级成果奖励95项次。其中国家级科技进步二等奖1项，省部级科技进步一、二、三等奖共45项，省农业科技成果转化一、三等奖各1项。绝大多数成果已经转化或在生产中推广应用，获得了显著的社会、经济和生态效益。