江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶桔泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院首个地方分院，2023年7月，增挂“江苏省职业病医院”，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是南京中医药大学附属中西医结合医院、第三临床医学院，是全国首批重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构、国家中医类别全科医师规范化培训基地、国家中医住院医师规范化培训重点专业基地、国家中医紧急医学救援队伍及基地依托医院、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、江苏省平安医院和老年友善医疗机构优秀单位、南京市健康促进医院。
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2020年7月1日，江苏省中西医结合医院
门诊第二党支部、机关第三党支部被中共
江苏省卫生健康委员会直属机关委员会授予“2019—2020年度委直属机关先进基层党支部”称号。
2021年8月，江苏省中医药研究院 (江苏省中西医结合医院) 急诊科被命名为“
第20届全国青年文明号“。