清顺治二年（1645年）由苏州总镇统兵驻松江后，即建立江南提督衙署于松江（也称提督江南昭武将军府），由李成栋任江南提督。管理苏州、松江、常州、镇江四府各绿营兵营的军务。并辖有提标中营中军参将署、提标左营游击署、提标右营游击署、提标前营游击署、提标后营游击署、提标城守营游击署，下辖金山卫、松江所、南汇所、青村所等。

江南提督系清朝统率江南军务的最高军事长官，从一品。

顺治十八年（1661年），关中梁化风以平南明大军北上有功，晋升为太子太保左都督，都督府仍设在松江，之后，又命为提督府。

清康熙元年（1662年），江南提督统理江南全省的军务。

康熙十四年（1675年）设安徽提督管理上江七府（合江宁等府）营务，不久又改为江南提督管理下江七府营务，仍驻署在松江（上海的军务也属该提督管辖）。

康熙十七年（1678年）裁去安徽提督名义，江南提督仍管江南全省军务。乾隆年间又循旧制管理全省军务。时江南提督为南天祥，衙署仍驻松江。当时江南提督节制三镇（松江府、镇江府、常州府）、二协〔太湖协（左、右两营）及松北协〕、本标五营（左、右、中、前、后营，编有马兵、守兵、战兵等约3100名兵员）以及统制各地十六营（松江城守营、镇江城守营等）。

嘉庆八年（1803年）加安徽巡抚兼提督衔，节制安徽省军务，江南提督的权限又限于下江各府县本标、协、营外，江南提督还节制狼山（含扬州营、泰州营）及苏松（驻崇明，辖本标三营及川沙、吴淞各营）两镇总兵。