金陵中学主校区内的汇文书院钟楼是南京市19世纪末的最高层建筑，也是基督教在南京建造的现存最早的学校建筑，占地约330平方米。汇文书院钟楼是金陵中学的标志性建筑。钟楼的图案被金陵中学校徽所使用。

汇文书院钟楼原为五层，重建时改为四层并保留至今。主体改为二层，原第三层改为阁楼。大钟在最高层，通高1.3米，宽1.4米，是由美国贝尔铸造公司铸造的“博尔登教堂大钟”。

钟楼属于美国殖民期的建筑风格。平面图是“申”字形，整体对称。墙面为青砖，勒脚、檐口等处有精细的装饰线脚。每层楼的窗户上沿及水平绕墙体一周还有外凸的橘红色装饰线。门窗为半拱形木质结构，楼梯为木质结果，室内铺有木质地板。屋顶为四坡形，由水泥方瓦铺设，东西两间房设有壁炉和烟囱。