水户线于1889年开业。当时的运营公司是水户铁道,运行区间是小山站~水户站,这是第一条到达水户的铁路。水户铁道于1892年被日本铁道收购,变为该公司的支线,1895年海岸线(今:
常磐线)延伸至土浦站到友部站区间,友部站~水户站之间的铁路实际变为其一部分。
日本铁道于1906年根据铁道国有法被收购进行国有化,旧水户铁道区间也被被编入官设铁道。1909年线路名称制定时,旧水户铁道区间中友部站~水户站区间被编入常磐线,小山站~友部站区间改为水户线。之后水户线从未进行过区间表示及线名的变更。这是极少见的情况,同样的例子只有日光线和西日本旅客铁道的草津线及樱井线。水户线这一名称是来自于该线路曾是水户铁道的线路,然而其虽名为水户线却不通过水户站和水户市区。
各站停车的普通列车1小时1~2班运行,白天在小山站~友部站之间折返,其余时间会直通进入
常磐线水户站 · 胜田站,早晚还会有小山站~下馆站间的区间列车,友部站22点出发的末班车与小山站23点出发的末班车都前往下馆站。
“お座敷ときわ路号”临时列车:
大宫站出发的临时列车,由485系改造的列车“华”担任且全车对号入座。