水土保持研究所，有中国科学院水利部水土保持研究所。此外，在我国各地亦有地方性的水土保持研究所，如长江科学院水土保持研究所、江西省水土保持科学研究所、辽宁省农业科学院水土保持研究所、山西省水土保持科学研究所等。

中国科学院水利部水土保持研究所筹建于1954年7月，正式成立于1956年2月，初期名为“中国科学院西北农业生物研究所”，是中国科学院在西北地区建立的第一个研究机构，方向任务是“结合西北地区实际情况以黄河中游水土保持问题为中心，配合农业部门的研究力量，进行调查及总结群众经验，开展生物、农、林、牧、水等基本性和关键性问题的研究，为解决黄土区水土保持及增加农业生产提供科学依据”。

1958年5月经国务院批准所名改为“中国科学院西北生物土壤研究所”，方向任务调整为“以生物、土壤为重点，结合水土保持进行研究”。

1964年7月改名为“中国科学院西北水土保持生物土壤研究所”，方向任务为“以黄河中游水土保持科学研究为中心任务，主要研究解决水土流失严重地区的农、林、牧、田间工程等水土保持措施、土壤侵蚀规律、水土保持综合治理和土地合理利用及农业增产等有关问题，同时根据西北地区农业生产选举法土保持的需要和原有工作基础，继续开展植物分类、土壤地理、土壤胶体化学和作物远缘杂交等工作”。

1979年10月更名为“中国科学院西北水土保持研究所”，方向任务为“面向黄土高原，以水土保持为中心任务，开展水土流失规律预测预报和防治途径、土壤及土地资源的评价的合理利用、植被恢复的理论与技术、旱作农业增产体系和依据等方面的研究，为黄土高原农林牧综合发展和根治黄河服务。”

1987年由中国科学院和水利部双重领导，更名为“中国科学院水利部西北水土保持研究所”，方向任务“仍以黄土高原区域为重点，以水土保持任务为中心，为改善黄土高原生态环境，加速农林牧综合发展和黄河治理服务。同时考虑到我国水土流失非常严重，西北水土保持研究所可适当兼顾其他地区的水土保持科研任务”。

1995年经国家科委批准更名为“中国科学院水利部水土保持研究所”。

1998年被中国科学院确定为知识创新工程第一批试点单位。

2001年中国科学院与教育部联合共建“水土保持与生态环境研究中心”。

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长江科学院水土保持研究所成立于2003年7月，是中国水土保持学会滑坡泥石流专业委员会委员单位，中国土壤学会土壤侵蚀与水土保持专业委员会委员单位，中国南方水土保持研究会理事单位。经过3年多的发展，水土保持研究所已成为国内技术力量较强的研究所之一，人员素质高，在现有17人专业技术人员中，硕士以上文凭的技术人员占全所总人数的70%，博士以上文凭的人员占到了40%，专业涉及水土保持、地理、环境、园林工程、农田水利、土工等领域。有15人持有水土保持方案编制上岗证书，有10人持有水土保持监测上岗证书，是拥有两证人员较多的单位之一。在近几年的发展中，业务范围主要包括水土保持科研、水土保持规划、水土保持方案编制等方面。

主要科研项目包括：长江上游干支流水沙变化（国家“973”项目）；大型水利工程对重要生物资源影响补偿途径（国家重大自然科学基金项目）；中国主要水蚀区土壤侵蚀过程与调控研究（国家“973”项目）等。

主要规划项目包括：《全国山洪灾害防治规划专题研究》第一专题“典型区域山洪灾害成因、时空分布特征及风险评估”；《全国山洪灾害防治规划》项目中有关山洪成因、特点、区划，山洪沟和小流域城乡居民点防灾规划；长江流域水土保持科研规划；雅鲁藏布江水土保持规划；白龙江水土保持规划和长江中下游蓄洪区水土保持生态保护规划等。

编报并通过水利部水土保持监测中心组织审查并取得水利部批文的开发建设项目水土保持方案近二十余个。

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辽宁省农业科学院水土保持研究所，有时亦简称辽宁省水土保持研究所。其前身是1958年创建的辽宁省朝阳农业试验站，1959年改称朝阳市农业科学研究所。1960年中国农业科学院辽宁分院[1960]59号文件决定：将辽宁省阜新七家子水土保持试验站与朝阳市农业科学研究所合并成立辽宁省水土保持研究所，所址设在朝阳县西大营子公社。建所以来，隶属关系多次变动，至1984年辽宁省人民政府办公厅[1984]19号文件决定：省水保所同朝阳市农业科学研究所实行一套人马，省、市双重领导，承担省市确定的科研任务，隶属于辽宁省农业科学院。1994年8月所址搬迁到朝阳市。2003年朝阳市人民政府朝政[2003]75号文件决定：成立朝阳农业科学院。以省水保所为基础，由省农科院和朝阳市农村经济发展局（现改为朝阳市农村经济委员会）双重领导，原隶属关系和拨款渠道不变。

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江西省水土保持科学研究所，是直属于江西省水利厅的正处级事业单位。始建于1964年，因受“文革”等历史原因的影响于1968年被迫终止工作，后经江西省政府批准于南昌恢复重建，并于1989年正式独立开展工作，是我国南方唯一的省属水土保持专业科研机构，也是江西省水土保持学会的挂靠单位。具有水土保持方案编制甲级资质和水土保持监测甲级资质，主要从事水土保持基础理论、生物工程技术、3S技术应用、水土资源保护和利用研究以及水土保持科技推广、水土保持规划设计、水土保持方案编制、水土流失动态监测和科技咨询与培训工作，是全省的水土保持科技中心。

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山西省水土保持科学研究所成立于1955年，为县处级建制的全额预算事业单位，属地方性水土保持专业研究机构。

其主要职能和任务是：承担着全省和国家有关部委的水土保持与生态建设科研与示范推广任务，开发建设项目水土保持方案编制（水利部甲级资质），水土流失综合治理工程规划设计，协调指导各市水土保持科研所（站）的业务工作。

建所以来，研究所共承担完成了国家及省部级科研项目130余项， 30余项成果获国家、省、厅科技进步奖。水力冲填筑坝技术、机械修筑水平梯田技术、抗旱丰产沟耕作技术、新修梯田土壤培肥增产技术、坝地防洪保收技术、人工模拟降雨装置及其野外试验应用等技术成果，在山西省及整个黄土高原地区均得到大面积推广应用，为山西省乃至全国的水土保持事业做出了重要贡献。

研究所内设有8个科室和1个试验站，是山西农业大学林学院水土保持专业的实习基地，也是该校水土保持专业硕士研究生培养点，林、科、教示范基地，同时也是山西省“林业科技示范园区”。