中华人民共和国水利部财务司是水利部的内设机构。负责编制部门预算并组织实施,承担财务管理和资产管理工作。组织提出中央水利财政资金安排建议,并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。
负责拟订水利预算管理制度办法、支出定额、政策建议。编制中央水利部门预决算和政府财务报告。负责部门预算项目库的管理。负责归口提出中央财政水利专项资金安排和工作清单建议方案，组织编制中央财政水利专项资金三年滚动规划和实施方案并监督实施。统筹协调中央财政水利资金监督管理。归口管理政府性基金。指导水利项目利用金融信贷资金工作。负责中央水利项目利用外资的财务管理工作。负责拟订中央水利国有资产监督管理的规章制度。承担中央水利行政事业单位国有资产配置、使用和处置等的监管工作。指导部直属单位对所属企业国有资产的监管工作。组织编制国有资本经营预决算、政府国有资产报告和企业财务会计决算。研究提出水利价格、税费、基金、信贷、保险等政策建议，参与中央直属和跨省、自治区、直辖市水利工程供水、发电价格管理有关工作。对水权交易平台建设、运营和水权交易重大事项进行监督管理。负责拟订水利财务管理制度并组织实施。组织开展预算执行考核、监督检查、项目验收和动态监控。负责部机关财务管理，监管机关国有资产。负责部直属单位基本建设项目竣工财务决算审批。负责部门预算、中央财政水利资金和国有资产的绩效管理工作。承办部领导交办的其他事项。