水军码头是钓鱼城风景区的景点之一，钓鱼城原建有南、北水军码头。现遗存的南水军码头遗址在前山脚下的嘉陵江边。码头东、西长400余米，两端以南外城东、西一字城墙屏障；南北最宽处70.2米，北以一道均高20米的自然山崖为退守防线。

整座码头由港湾泊船码头和平台式江防阵地两大部分构成，以位于西侧的江防阵地为主体建筑，系利用嘉陵江岸边坡地，进行人工平整后填加粘土碎石逐层夯筑，再于外部砌筑护坡条石挡墙加固而成。遗址长86—112米，南北宽55.3—70.2米，总建筑面积8000余平方米。中心地理坐标为北纬29°59′58.9″，东经106°18′41.3″，高程211米，方向150°。考古发现有石砌挡墙3组共16道，多由下至上层层收分，形成对应的层层平台。各层平台上除有炮台、礌石堆等遗迹外，还有排水沟渠和以上山石级大道为代表的交通网络，使其整座码头具备了巩固江防和提供后勤保障的独特功能。

南水军码头与南外城紧密结合，构成了钓鱼城主城之下山地设防和江岸设防的综合攻防体系，并由此而形成水军码头依托外城、外城依托主城的梯次配置。这一充分利用地形，层层设防，退可守，进可攻的防御布局是钓鱼城军民的又一伟大创举。在钓鱼城36年抗战中，守城军民曾长期在水军码头浴血奋战，成功地控扼了江面，阻止了蒙、元大军顺江东下。

钓鱼城南水军码头作为南宋时期江防要塞、内陆水军军港和造船场遗址，具有重要的科学研究及文物观赏价值。

2010年，为保护好钓鱼城南水军码头及南一字城墙在草街航电水利枢纽工程蓄水后也能展示于世人面前，重庆市钓鱼城管理部门与文物考古工作者开始对遗址进行保护展示工程施工。该项保护展示工程涉及面积约6300㎡。