毛蕊花糖属于
低聚半乳糖，是寡糖中的五糖。其调节微生态的功能优于目前应用的所有低聚糖，具有增殖有益菌，形成化学屏障和微生物屏障，增强肠定植抗力，抑制有害菌，调节肠道微生态平衡，改善肠道功能；促进肠道蠕动；促进
B族维生素、蛋白质和钙、铁、锌等矿物质的吸收；减少和清除体内有害物质，阻止毒素进入血液循环；消除体内自由基；活血，促进血液循环，改善骨髓造血功能。
由于人体内缺乏水解水苏糖、棉子糖、毛蕊花糖的消化酶 α-D-半乳苷酶，因此它们不会被人体吸收。利用大白鼠的消化道粗酶液进行消化实验，确认它们不会被分解而存在于回肠的内容物中，从盲肠至排出粪便均未测出。经无菌小白鼠食用后，绝对多数存在于粪便之中。以上试验证实水苏糖、棉子糖、毛蕊花糖不会再小肠内被消化吸收，一直
双歧杆菌存在的消化管下部，才被肠道内细菌利用。
毛蕊花糖是双歧杆菌的
有效增殖因子，与其他低聚糖相比，毛蕊花糖增殖双歧杆菌效果较优。经过试验分析，与化学试剂相比，毛蕊花糖可被绝大多数双歧杆菌利用，并且利用率超过低聚果糖，产生显著的增殖效果，而
大肠杆菌、
产气荚膜梭菌等肠道有害菌对毛蕊花糖的利用情况远不及双歧杆菌。
人体试验证实，摄入毛蕊花糖后，肠道内及粪便中的双歧杆菌数量明显增多。让6名健康者摄取10g毛蕊花糖（内含3g水苏糖、3g棉子糖）持续3周，双歧杆菌数比比摄入前增加2.2倍，而有害菌产气荚膜梭菌的含量明显减少。