冲绳附近海域，暮世正在“海之城”（人工建造巨大海上城市）旁石油开采平台工作。突然，海中一个类似蛇形的不明物体袭击海之城，巨大的人工岛沉入海中，大部分居民丧生，暮世的前妻和女儿（大约10岁）（人物设定为华人）所乘坐的观光潜艇被困在海底。全船只有他们两个人没事（只是昏倒），其他人不知死到哪里去了。追踪“大蛇”的自卫队潜艇放出新型海底救生潜艇“DSRV”观察躲在“海之城”水下“大蛇”的踪迹，被暮世通过海底监视器发现。暮世向自卫队发去信息，请求救援。自卫队高官眼见潜艇行踪暴露，只好同意派出“DSRV”参加救援工作。“DSRV”上装备了军方最新的机密装备“三维声纳成像仪”。此仪器可接受潜艇周围物体的声波和对声波的反射波，通过计算在人脑中形成三维立体成像，影像清晰，范围广，杂讯少，在世界军事技术上处于绝对领先地位，属于日本军方绝密技术。自卫队的两名军人驾驶“DSRV”,严禁其他人等进入驾驶室。暮世登上“DSRV”去救前妻和女儿。顺利将他们从观光艇转移上救生艇后，遭到“大蛇”攻击。在于“大蛇”的周旋中，暮世接触到“三维声纳成像仪”，了解了“大蛇”的真面目：“形状类似巨大的蟒蛇，是超常平衡波浪的集合体，通常波浪有“凝成”和“崩溃”两种状态，一般情况下，如果两种状态不能保持平衡，波浪会立即崩溃，但是有几百万分之一的概率两者会保持平衡，形成半永久性的孤立于海水的波浪“孤立子”。“孤立子”具有生命，有智慧。远古时代大海中的矿物晶体自己增殖，矿物晶体中包含氨基酸，氨基反过来包裹住矿物质，于是，最初的生命诞生了。偶然产生的“孤立子”也是由于同样的道理具有生命。”（什么乱七八糟的理论）暮世的前妻正巧是开发三维成像技术的专家（
无巧不成书），马上明白了原理，并且成为现场技术指导。（自卫队辛辛苦苦开发的绝密技术一下就被泄露出去，而且被非本国技术人员得到，损失大矣）。“DSRV”躲入海底开发基地避免与“大蛇”正面对抗。奇怪的事情发生了，基地周围出现奇异的“冷水海”，通常的冷水海只是海中温度较低无法与周围海水混合的海水，但是这片冷水海有生命，把基地团团包裹住。基地无法与海面船只取得联系，只有一艘仅能乘坐一人的小型舰艇。一个军人驾驶该船与美铃（暮世女儿）浮出基地向海面寻找救援。“冷水海”侵入基地电脑数据库，在电脑屏幕上与人类对话。原来，“大蛇”是“冷水海”的一部分。三天前，自卫队做强声纳试验，把“冷水海”的一部分割离本体，形成“大蛇”。“大蛇”吸收了能量变得强大，“冷水海”没办法把它收回，请求主角“救救我们的同伴”。此时，“大蛇”蹿上海面对自卫队的水面救援船只发动攻击，自卫队损失惨重。美铃的舰艇受到波及。情急之下，暮世使用“三维声纳成像仪”把自己的精神附身在“冷水海”上，成为第二条“大蛇”，为保卫女儿与“大蛇”展开搏斗，最终打败“大蛇”。