建桥时间难以查考，一说建于明代，一说建于清道光年间。桥名“毓灵”乃因历史上这里称钟秀乡，取其“钟灵毓秀”之意。桥长25米，宽2.04米，全桥共分3段，中间一段主桥长7.6米，左右两段各长6.25米，两端有石阶式引桥。桥面部分由15节宽厚均为40厘米的完整石条组成。2个桥墩宽厚均为2米，接近水面部分成船形以减少水的冲力。桥栏每边是7块厚20厘米、高72厘米的石板，间以8条高90厘米的石柱镶嵌而成。整座石桥结构紧密，造型古朴，没有雕刻任何花纹图案。桥的用料为质地坚硬的青花岗石。
历史上，毓灵桥是交通要道，北接省佛大道，南通
南海平洲。清朝时，河两岸已是较繁华的商业地带，文化也颇发达（棉州书院设于此），那些中举的士子衣锦还乡，乘船要通过毓灵桥下，因此毓灵桥有“龙门”之称。
当地人认为毓灵桥锁住了冲口山川之灵气，才使当地涌现了不少人才志士。同时，“龙门”多是龙舟竞赛的终点，是夺锦之门。赛龙舟时，桥上吊着鞭炮，桥下挂着奖彩，两岸人山人海，在过去，此桥是芳村最重要的要道，北接芳村古道连省佛，南连石道经西朗赤岗可达南海平洲，周围市井繁荣，桥两岸店铺林立，茶楼、肉店、中药店、山货店等100多间店铺鳞次栉比。可到了1938年广州沦陷，日军将毓灵桥一带的店铺平房通通拆毁，并在此地建起了储藏战备物资的仓库。直到现在，两边的河岸仍是粮仓和石油仓库的集中地。
建国后的60年代中期，该桥还是通往冲口轮渡码头的必经之路，后修建了芳村大道，该桥才失去了作为交通枢纽的作用。由于年久失修，该桥曾严重损坏，1990年秋古桥得以修复。今已形成古桥流水、红花绿树、蝶飞鸟鸣的一景。