准确的套利交易意味着卖出或买进股指期货合约的同时，买进或卖出与其相对应的股票组合。如果实际交易的现货股票组合与指数的股票组合不一致，势必导致两者未来的走势或回报不一致，从而导致一定的误差。这种误差，通常称为模拟误差（Tracking Error）。

模拟误差来自两方面。

一方面是因为组成指数的成分股太多，如S&P500指数是有500只股票所组成的。短时间内同时买进或卖出这么多的股票难度较大，并且准确模拟将使交易成本大大增加，因为对一些成交不活跃的股票来说，买卖的冲击成本非常大。通常，交易者会通过构造一个取样较小的股票投资组合来代替指数，这会产生模拟误差。

另一方面。即使组成指数的成分股并不多，如道琼斯工业指数仅由30只股票所组成，但由于指数以市值为比例构造，严格按比例复制很可能会产生零碎股，如出现某股应买进1245股的结果。而股市买卖通常的最小单位为手，在国内是100股，这45股就是零碎股，这也会产生模拟误差。

模拟误差会给套利者原先的利润预期带来一定的影响。举例来说，如果期价高出无套利区间上届5个指数点，交易者进行正向套利，理论上到交割期可以稳挣5个点，但是如果买进的股票组合（即模拟指数组合）到交割期落后于指数5个点，套利者将什么也得不到。当然，如果买进的股票组合到交割期非但不落后，反而领先指数5个点，那该套利者就挣到了10个点。这会增加套利结果的不确定性，因而，在套利交易活动中，套利者应该对模拟误差给与足够的重视。