模式种（Type species）是生物分类学上的一个名词，是用来代表一个属或属以下分类群的物种。被首次发现，且被描述并发表的物种定为模式种。

在植物分类学中，包括属与种在内，皆是由标本或绘图来做代表，称为模式标本，“模式种”在植物分类上，则是一个非正式的称呼。

严格上讲，模式种存在只 动物学命名原则. 和设置了在文章42.3上 动物学命名原则国际代码类型 类或亚属的名字(“类小组名字“)是“模式种”。 这被定义作为“是一有名无实的类或亚属的名字轴承类型”的有名无实的种类。 种类名字反过来固定在典型标本。

在 植物命名原则类型 类或种类的名字是a 标本 (或例证) (ICBN文章10.1， 8.1和10.4)。 这个类型通常将是一个包括的种类的种类，在它可以由这个种类情况下表示(艺术的名字10.1)。 这个种类称“模式种”，但这个词组没有正式身分。 植物典型标本一般称“典型标本”。

研读《中国被子植物科属综论》 （吴征镒，路安民，汤彦承，陈之端，李德铢，科学出版社，2003，第一版）一书，看其中到对植物名称描述中，经常使用模式种、模式亚属、模式属等概念（如p82,85,89,92,521等几乎所有涉及类群模式的地方）。翻看《中国植物志》一些卷册，也经常看到这样的用法。

使用模式种、模式亚属、模式属或者其他模式类群的概念是不正确的。这是受到植物分类学研究中的传统或者机械的模式研究思想的影响。国际植物命名法规明确规定，任何分类群的模式，都是一张标本。研究类群的模式标定，本质是对类群名称来源、可靠性和稳定性的研究。这是植物分类学中命名法规的灵魂。植物分类学研究中，研究模式对于正确鉴定、名称稳定非常重要。种的模式是一张标本，种级以上的分类学名称，如果基于某些该类群等级以下单位的正确名称建立，就自动标定其模式。植物分类学研究模式的方法不等同于研究的模式方法。研究的模式方法（思想），一直是分类学研究领域避免或者摈弃的研究方法。因为自然界中，没有模式的物种或者类群，只有类群或者物种的模式。